1、估价方法存在的问题
目前大多数城市房地产拆迁评估，采取基准价格结合成新、区位、临街等系数来综合确定拆迁价，该计算方法与精神以及不符合。首先这是由于房屋的价格是由市场来确定的，不仅仅受其物理本身固有有形因数的影响，而且还受市场众多因数影响的，往往后者的影响比前者大。例如：房地产周边环境这一影响因素，同一房地产所处同一区位，但不代表周边环境是相同的，这是因为房地产特性决定的，因此我们仅仅以基准价格来测算房地产市场价是没有说服力的。其次，资料中也找不出“基准价格”一词的由来，更谈不上其计算的依据及科学性。
2、确定房屋基准价格存在的问题
房屋基准价的测算，首先是由政府来认定估价机构，后由该机构来测算，再由政府会同有关部门来确认其测算结果，实际上还是一种政府行为，摆脱不了政府的干预，因此房屋基准价还不是市场行为，不能准确反映市场房屋价格变化，甚至还存在着政府及其部门有意压低基准价的行为。
3、房屋拆迁补偿价存在的问题
土地的补偿价没真正的体现。有些城市现行的房屋的拆迁补偿价，是结合成新得出的房屋拆迁补偿价，其最终结果也只能最大程度上反映的是房屋这一物理本身固有的有形状态价，而不能正确反映这一房屋实体带来的经济效用价值，更不能反映土地这一无形资产价，当然这一最终结果普遍反映补偿价低这一结论。没能充分地考虑房地产的容积率、建筑密度等合理利用土地这一因数，而是将土地与房屋重置价合并计为基准价，以房屋的建筑面积来测算，其结果必然导致同质同量同价的土地其容积率高、建筑密度大的其土地价格高这一歪理;政府部门干预较多，甚至于有的地方政府为了体现其政绩，压价、压成本、坑民、损民、与民争利有损政府形象的行为。
4、在房屋性质认定上存在的问题
由于我国的房地产相关法律、法规滞后于有些拆迁房，要其完备、完善有关手续，实在是强人所难。而有些城市一味强调手续的完善，在房屋性质的认定上刻板教条，不考虑实际用途和使用价值。其最终结果，导致不尊重历史，不能反映房屋可以带来更大收益这一客观事实。
5、在安置房价格的确定上存在的问题
众所周知，安置房是由拆迁人提供的，其价格的确定应是由开发商随行就市，而被拆迁房是否也是完全市场价呢?当然是有差距的，首先在房屋的拆迁补偿价的确定存在着问题、其次，安置房价格滞后于拆迁房，不是同一时点的价，这样必然导致在安置房价、拆迁补偿价之间存在着有失“公正、公平”性。
