土地承包经营权转包、出租后，物权并未发生变动，因此对其补偿应做如下处理：
一、青苗及地上附着物的补偿
最高人民法院《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》第22条第(2)款规定: “承包方已将土地承包经营权以转包、出租等方式流转给第三人的，除当事人另有约定外，青苗补偿费归实际投入人所有，地上附着物补偿费归附着物所有人所有。
接包人、承租人在接收土地后，会投入大量的劳力与资金，作为实际用益人就依法享有地上青苗的物权取得权，青苗补偿费作为青苗的代位物，当然应由青苗的所有权人取得。因此，在土地承包经营权被转包、出租后承包地被征收的，应依下列规则确定青苗补偿费的归属: (1)当事人之间在转包合同和出租合同中有明确约定的，从其约定; (2)当事人之间无明确约定的，由资金和劳力的实际投入人取得。
地上附着物是指房屋等建筑物和其他构筑物。如果地上附着物由原土地承包经营权人修建，在转包和出租时接包人和承租人仅依约定取得附着物使用权的，则附着物补偿费归原土地承包经营权人所有; 如果在转包和出租时地上附着物的所有权发生变动，由接包人和承租人取得所有权的，则附着物补偿费归接包人和承租人所有。
二、土地补偿费与安置补助费
土地承包经营权转包、出租后，接包人、承租人对承包地的用益权是一种债权性权利，属承包地的债权性利用方式。因此，接包人、承租人不是土地承包经营权丧失的补偿权利人，其无权请求土地补偿费中的土地承包经营权补偿，该笔补偿费应由作为物权人的转包人、出租人取得。
应当注意的是，接包人、承租人作为征地的利害关系人并非毫无权利。当其权利受有损害时，应通过以下途径解决： 一是转包人和接包人、出租人和承租人事先在转包合同、出租合同中约定承包地被征收时对接包人和承租人的补偿方式和补偿计算标准; 二是当事人在转包合同、出租合同中未作任何约定的，可以选择以下三种规则之一处理:其一，若通过调整土地，原土地承包经营权人重新取得等质、等量的承包地的，当事人之间的转包合同、出租合同继续于调换地上存续，当事人对合同的标的物作出变更即可; 其二，由接包人、承租人直接向征收人请求补偿; 其三，由接包人、承租人向转包人、出租人依合同法的有关规定请求补偿。就我国目前的法律而言，变更合同标的物和向原土地承包经营权人请求补偿的规则更具可操作性。
安置补助费的归属问题，关键在于接包人、承租人是否属于被安置的对象范围。根据《农村土地承包经营权流转管理办法》第35 条的规定，接包人应是“同一集体经济组织的其他农户”，但对承租人却没有任何的身份限制。由于征地安置的对象限于被征地集体经济组织的成员，因而依《农村土地承包经营权流转管理办法》的规定，接包人属于安置的对象范围，而承租人要视其是否为同一集体经济组织的成员而定。如果承租人属于集体经济组织之外的其他单位或者个人的，其当然无权要求安置补助费。
