涉密证据是指涉及国家秘密、商业秘密、个人隐私或者法律规定的其他应当保密的证据。在行政诉讼中涉密证据的确定应经以下法律程序：(1)须由提供证据的当事人明确标注说明;(2)须在开庭审理之前提出保密申请;(3)须经人民法院审查确认，这样是为防止当事人以此为由规避公开质证或隐瞒事实真相，侵害对方当事人的合法权益。审查包括：是否合法，如果属于违法事实，法院不予保护，也不能作为不公开质证的理由;是否符合相关法律的规定，如保守国家秘密法、反不正当竞争法。
之所以对涉密证据作出特殊规定，是因为泄漏或公开涉秘证据将危害国家安全与利益或侵害公众、相关企业或公民个人的合法权益。在诉讼中，尽管法庭主要审查争议的真实情况，但对这一价值目标的追求亦不能不惜一切代价，因此，在以公开为原则的审判程序中，应将涉密证据作为例外加以保护。
法律规定，在行政诉讼中，对涉密证据不得在开庭时公开质证，《若干规定》又增加了“标注”和“确认”两个行为的规定，使对其保护更加完整、具操作性。其中“标注”和“确认”是决定不得“在开庭时公开质证”的前提条件。这一补充规定体现了对公共利益、公序良俗、个体的人格、意志及合法权益予以充分的关注，更体现了权利义务对等的现代诉讼理念。不仅维护了诉讼当事人的合法权益，同时也有利于程序公正的实现。不足的是，当事人标注、说明后，人民法院依照什么标准进行审查判断。这直接关系到这些证据能否公开质证。如行政机关常有各种印有“机密”、“绝密”字样的文件，其中并不都属于国家秘密，法院不可能了解行政系统的内部事务，加上法律规定可能有空白，很难作出正确判断;再如“个人隐私”更是缺乏具体规定，法官的判断往往具有明显的主观倾向性。总之，依据形式标准还是实质标准，法律须明文规定，若无一个适当的判断标准，法院确认错误并给予了错误保护，则剥夺了对方当事人公开质证的权利，可能造成不公正裁判。解决这一问题，还有赖于相关法律的进一步完善。
依据指引：
①《中华人民共和国行政诉讼法》(1989年4月4日)
第四十五条 人民法院公开审理行政案件，但涉及国家秘密、个人隐私和法律另有规定的除外。
②《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》(2002年7月24日)
第十八条 证据涉及国家秘密、商业秘密或者个人隐私的，提供人应当作出明确标注，并向法庭说明，法庭予以审查确认。[page]
第三十七条 涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私或者法律规定的其他应当保密的证据，不得在开庭时公开质证。
③《最高人民法院关于严格执行公开审判制度的若干规定》(1999年3月8日)
二、人民法院对于第一审案件，除下列案件外，应当依法一律公开审理：
(一)涉及国家秘密的案件;
(二)涉及个人隐私的案件;
(三)14岁以上不满16岁未成年人犯罪的案件;经人民法院决定不公开审理的16岁以上不满18岁未成年人犯罪的案件;
(四)经当事人申请，人民法院决定不公开审理的涉及商业秘密的案件;
(五)经当事人申请，人民法院决定不公开审理的离婚案件;
(六)法律另有规定的其他不公开审理的案件。
对于不公开审理的案件，应当当庭宣布不公开审理的理由。
