对于在起诉前经鉴定构成医疗事故的或起诉后经鉴定构成医疗事故的，按照目前的法律规定和司法实践，当事人依法只能按照医疗事故损害赔偿纠纷来处理，主要适用《条例》的规定。
对于医疗事故损害赔偿纠纷案件，不应单纯限于适用《条例》，《民法通则》、《解释》、《最高人民法院关于确定民事侵权精神损害赔偿责任若干问题的解释》等法律、司法解释也应在适用之列。虽然《条例》将医疗事故作为一类特殊的人身损害赔偿来处理，但《条例》作为一部行政法规，立法初衷应是更多地规定医疗事故出现后有关行政程序方面的处理问题，其对赔偿的规定也应更多地适用于协调处理或行政调解方面，一旦发生司法诉讼，其作为人身损害赔偿的一类，理应适用更高级别的《民法通则》、《解释》、《最高人民法院关于确定民事侵权精神损害赔偿责任若干问题的解释》等法律、司法解释的规定。
医疗服务合同纠纷是基于一种非典型的契约——医疗服务合同关系而产生，是《合同法》规定的无名合同，主要适用《民法通则》、《合同法》的规定。
《合同法》第一百二十二条规定：因当事人一方的违约行为，侵害对方人身、财产权益的，受损害方有权选择依照本法要求其承担违约责任或者依照其他法律要求其承担侵权责任。对于这类纠纷，究竟按违约之诉来主张，还是按侵权之诉来主张，该法第一百二十二条赋予原告进行选择的权利。假如原告选择违约之诉(更多地适用于医疗美容合同纠纷)，则应当依据《合同法》第七章违约责任的规定提出自己的诉请，因此，无精神损害赔偿可言;假如原告选择侵权之诉(更多适用于造成人身伤残或重大功能障碍的情形)，则依据《民法通则》、《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》(以下简称《解释》)、《最高人民法院关于确定民事侵权精神损害赔偿责任若干问题的解释》的相关规定提出诉请，可以要求精神损害赔偿。
一般医疗损害赔偿纠纷是指因医疗事故以外的原因造成患者人身伤害而引起的医疗赔偿纠纷，主要适用《民法通则》、《解释》、《最高人民法院关于确定民事侵权精神损害赔偿责任若干问题的解释》等法律、司法解释的规定。
一般医疗损害赔偿纠纷起初并没有作为一种案由规定在《民事案件案由规定》(试行)中，最高人民法院关于参照《医疗事故处理条例》审理医疗纠纷民事案件的通知(法[2003]20号)首次提出这个概念，但尚不很明确，《北京市高级人民法院关于审理医疗损害赔偿纠纷案件若干问题的意见(试行)》则明确提出医疗损害赔偿纠纷包括医疗事故损害赔偿纠纷和一般医疗损害赔偿纠纷，并明确指出一般医疗损害赔偿纠纷包括不申请进行医疗事故技术鉴定、经鉴定不构成医疗事故以及不涉及医疗事故争议的医疗损害赔偿纠纷。《北京市高级人民法院关于审理医疗损害赔偿纠纷案件若干问题的意见(试行)》的出台，细化了医疗纠纷案件的操作程序，方便了当事人诉讼，为人民法院正确审理医疗损害赔偿纠纷案件发挥了很大的作用。
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