经济补偿不是一种责任形式，而经济赔偿是《民法通则》规定的民事责任形式，虽然二者都有给付对方一定数额金钱的义务，但两者具有根本不同的性质。“补偿”是受益人或其他无侵权行为人(包括国家、单位)对受害人给予一定数额的经济上的救助，它不以侵权为前提，也不以过错责任为原则，“补偿”的数额不考虑损失的大小，并非必须弥补受害人及其家属的一切经济损失，而是象征性给予一点抚慰、救助。赔偿是以非法侵害行为为前提，以过错责任为原则，由侵权行为责任人承担，而且赔偿的数额应该是受害者的全部损失。有过错非法侵害造成损害就应承担赔偿责任。赔偿不仅是一种对过错行为所造成的损失的经济上的弥补，更是一种对侵权行为承担法律责任的形式，具有惩罚性。在医疗过失的处理上，必须实现由“补偿”到“赔偿”的转变。经济补偿规定的弊端主要表现在以下几个方面：
第一，“补偿”导致适用法律的不统一，易产生不公平。由于《民法通则》及最高人民法院的司法意见与《办法》不一致，导致法律适用上的混乱。法院审理医疗纠纷案件中，既可以采取尊重《办法》的规定，但不依照《办法》而给予赔偿，也可能完全置《办法》于不顾，依据《民法通则》的规定作出判决，甚至有的法院在审理医疗纠纷案件时，如果是医疗事故，则按《办法》处理，不属医疗事故的按《民法通则》处理。这样一来，较轻的损害定性为普通医疗侵权，采取赔偿原则，较为严重的损害定性为医疗事故，采取补偿原则。结果是损害较轻的患者所获赔偿金额超过损害较重的患者所获补偿费的情况。这对患者方来说是不公平的。
“赔偿”则不同。民事赔偿制度以经济上补偿受害人所受损失为目的，有损失就赔，损失多少赔多少，最能体现市场经济的经济补偿原则，有利于充分保护受害人的权益。统一的民事赔偿制度不会发生对不同的患者因适用不同的法律而导致的不公平现象，更不会出现轻伤害赔得多，重伤害反而赔得少的不正常现象。
第二，“补偿”容易激化医患双方的矛盾。《办法》规定一次性经济补偿，各省、自治区、直辖市对补偿费的规定又十分低，往往只有几千元，如此低的补偿费用一般均由医疗单位承担，医务人员所受的一般只是轻微的行政处分。这样的规定显然不足以起到惩戒直接责任人，预防并杜绝类似的医疗事故发生的作用，也容易使受害人及其家属产生关于医疗单位草菅人命、极端不负责任的想法，从而激化医患双方的矛盾。
第三，“补偿”不利于保护患者的权益。大家知道，患者与医疗机构之间是在平等、自愿的基础上形成的一种民事法律关系，而公平原则是民法的一个基本原则，它要求民事主体在承担民事责任时要公平合理，侵权赔偿应贯彻与损害结果相一致的原则。而医疗事故一旦发生，不仅给患者及其家属带来肉体上和精神上的痛苦，而且还会给受害者造成严重的经济损失，增加沉重的经济负担。如不考虑患者实际损害之大小，仅按《办法》给予几千元一次性补偿，对于受害者来说，尤其是对于造成终身残疾、丧失劳动能力和生活能力的受害者来说，无异于杯水车薪。
第四，“补偿”助长私了医疗事故之风，有悖于法律的严肃性。医疗事故发生之后，医疗单位为了保全名声，不愿声张出去。怕影响医院上等级、评先进，一旦发生纠纷，就叫患者一方“开价”，给受害方多支付些补偿费以达到息事宁人的目的。作为患者或其家属，手上没有证据，又担心鉴定不利，加上《办法》规定的补偿很低，于是不愿“公了”，多拿些补偿费走人。这种一赔了之的“私了”办法不利于医院建立责任制度，端正医风医德，提高医疗服务质量。同时，使一些本应承担刑事责任或行政责任的医务人员逃脱了法律制裁，从而有悖于法律的严肃性。
