国务院《条例》和最高院的《通知》相继出台后，医务界、法学理论界以及审判实务界对医疗损害赔偿纠纷案件的适用法律问题一直争论不休。对医疗损害赔偿纠纷究竟应该适用《民法通则》还是《条例》，有观点认为，按照特别法优于普通法这一基本的司法的原则，应优先适用《条例》，因为《民法通则》属于普通法，《条例》属于特别法，特别法应该优于普通法而优先适用;另有观点认为，按照法律的高阶位优先适用的原则，《民法通则》属于上位法，《条例》属于下位法，当上位法和下位法的法律规定不一致的时候，应优先适用上位法即《民法通则》及《解释》;还有观点认为，按照《条例》第四十九条二款“不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任”的规定，当然不能再适用《民法通则》和《解释》。又有观点认为，《民法通则》的法律效力高于《条例》，且《民法通则》与《条例》也不是基本法与特别法的关系，从有利于实现当事人的合法权益最大化出发，应按《民法通则》和《解释》的规定进行处理，这也是以人为本司法理念的体现和对人的健康、生命的尊重。
笔者认为，《条例》是国务院针对特定领域制定的专业性很强的行政法规，对法院审理此类案件具有当然的法律效力。《条例》第三条规定“条例实施后，人民法院审理因医疗事故引起的医疗赔偿纠纷民事案件，在确定医疗事故赔偿责任时，参照条例第四十九至第五十二条的规定办理。”2003年1月6日最高人民法院颁布的《关于参照<医疗事故处理条例>审理医疗纠纷民事案件的通知》规定"条例施行后发生的医疗事故引起的医疗赔偿纠纷，诉到法院的，参照条例的有关规定办理;因医疗事故以外的原因引起的其他医疗赔偿纠纷，适用民法通则的规定。"上述通知第三条规定 “条例实施后，人民法院审理因医疗事故引起的医疗赔偿纠纷民事案件，在确定医疗事故赔偿责任时，参照条例第四十九条、第五十条、第五十一条和第五十二条的规定办理。”因此，在处理医疗事故引起的医疗赔偿纠纷案件时必须严格按照《条例》的规定适用法律，而不能适用《民法通则》和《解释》，只有不构成医疗事故的其他医疗纠纷的人身损害赔偿案件，才能适用《民法通则》和《解释》的规定处理。
