由于医疗纠纷仲裁是一项专业性很强的工作，根据我国目前的实际情况和仲裁的特点，可先在设区的市一级以上行政区设立常设性的仲裁机构即医疗纠纷仲裁委员会。该机构由市级人民政府组织有关部门统一组建，医疗纠纷仲裁委员会具有独立法人资格，对其行为独立承担法律责任。该委员会组成人员中要充分体现医、法结合，由医学专家、法医、法学专家、医学伦理学家、医疗管理专家医学伦理学专家和有实际工作经验的人员担任，以此来提高仲裁的公正性、科学性、权威性，增加医患双方对仲裁的信任度。医疗纠纷仲裁委员会的职责是：①负责处理本委员会管辖范围内的医疗纠纷争议案件。②聘任具有实践经验和专业水平的临床医学专家（可分不同的专科）、对卫生法有较深研究的法律专家和卫生行政管理专家和医学伦理学专家、公证员担任专职或兼职仲裁员，并对仲裁员进行管理。③领导和监督仲裁庭开展工作。④总结并组织交流办案经验，向医疗机构、卫生行政部门、司法机构提供有关处理医疗纠纷的建议。
（二）设立医疗仲裁庭
医疗仲裁庭是非常设机构，仲裁员可由具有实践经验和专业水平的临床医学专家（可分不同的专科）、对卫生法有较深研究的法律专家和卫生行政管理专家和医学伦理学专家、法医、公证员担任。
医疗仲裁庭，可以根据医疗纠纷的复杂程度分别由3、5、7人组成。3人仲裁庭由医疗专家、法医、法律工作者组成；5人仲裁庭由医疗专家3名、法医、法律工作者公证人员个1名组成；7人仲裁庭由医疗专家2名、法医、医学伦理学专家、法律工作者公证人员个1名组成.
（三）医疗纠纷仲裁程序
当医疗纠纷发生后，医患双方在协商解决不成的情况下，若双方能自愿达成协议将争议提交医疗纠纷仲裁委员会处理，则仲裁可按照下列程序进行：
①当事人申请。提出仲裁要求的医患一方应当在纠纷发生之日起规定的时间内(即受理时效内)向医疗纠纷仲裁委员会提出书面申请。②案件受理。医疗纠纷仲裁委员会应当在自收到申请书之日起规定的时间内作出受理或不予受理的决定。对决定受理的应通知被诉方，并组成仲裁庭。
③案件审理。仲裁庭处理医疗纠纷应当先行调解，在自愿合法的原则下促使医患双方达成和解协议。若调解不成功则不应久调不决，仲裁庭应当及时作出裁决。
④仲裁的执行。仲裁裁决书自作出之日起发生法律效力，如同法院的裁判书一样，当事人必须履行。当败诉方在不自动履行仲裁裁决的情况下，胜诉方可请求法院强制执行仲裁裁决。通过法院的强制执行能体现仲裁裁决的权威性，在保证实现当事人权利的同时，也保证了医疗纠纷仲裁制度的顺利发展。
