(一)案件的受理与管辖
最高人民法院(行)函(1989)63号复函：病员及其家属如果对医疗事故鉴定结论有异议，可以向上一级医疗事故鉴定委员会申请重新鉴定，如因对鉴定结论有异议向人民法院起诉的，人民法院不予受理；如果当事人对卫生行政机关作出医疗事故处理决定不服，依法向人民法院提起行政诉讼，人民法院应当受理。当事人仅要求医疗单位赔偿经济损失向人民法院提起诉讼的，应依照《民事诉讼法》的规定，按民事案件受理；当事人对医疗事故鉴定结论有异议，但不申请重新鉴定，而以要求医疗单位赔偿经济损失为由，向人民法院起诉的，如符合《民事诉讼法》关于立案受理规定的，应作为民事案件受理。由此可知，在受理医疗纠纷案件时，应遵循《民事诉讼法》的规定，对符合立案条件的即应受理。《条例》系行政法规，是医疗行政主管部门处理医疗事故并对赔偿进行调解的依据。受理案件时，不应将医疗事故鉴定作为受理医疗赔偿案件的前置条件。
医疗纠纷案件的管辖主要涉及地域管辖，按照《民事诉讼法》第二十二、二十四、二十九条的规定，一般由发生医患纠纷的医疗单位所在地人民法院管辖。对于军人、武警部队医疗纠纷赔偿案件的管辖，适用最高人民法院(1990)民他字第15号复函，即解放军、武警部队向地方开放的医疗单位在医治地方伤病员过程中发生的医疗事故，由有管辖权的人民法院作为民事案件受理，军队法院无管辖权。由军队医疗单位所在地人民法院管辖。
(二)诉讼时效
依《民法通则》第一百三十五条的规定，普通诉讼时效为二年，而第一百三十六条(二)项的规定，系特殊诉讼时效，为一年。由于医疗行为造成的损害后果出现的时间长短不一，有的数月、数年，甚至数十年后才发现。即使发现损害后果，又可能在很长时间后才知晓损害原因。审理中，着重审查患者从何时起知道损害结果及损害原因，从知道或应当知道时起计算诉讼时效。违约之诉时效二年，侵权之诉时效一年。
(三)诉讼主体
生命健康权受到侵害的公民及其近亲属有权向侵害者提起诉讼。根据《贯彻执行〈民法通则〉若干问题的意见(试行)》第147条的规定，患者死亡的，按继承顺序，其第一顺序继承人可作为共同原告参加诉讼；患者致残或丧失劳动能力的，可作为原告起诉；依靠其实际扶养而又没有其他生活来源的人要求侵害人支付必要生活费，既可一并起诉，亦可单独起诉。医疗纠纷案件的被告是侵害患者生命健康权的医疗机构或医疗从业人员(个体开设医疗单位的业主)，应是能够独立承担民事责任的医疗单位。根据《民法通则》第四十三条规定，医务人员作为医疗机构的从业人员，不应作为被告承担责任(非法医疗机构及其医务人员除外)。
(四)举证责任
按照“谁主张、谁举证”的原则，病员及其亲属以己之力去获得数量多、技术性强且由医方保管的证据极其困难，往往败诉者较多。2002年4月1日施行的《关于民事诉讼证据的若干规定》第四条(八)项规定，医疗纠纷诉讼举证责任倒置，使得医患双方地位趋于平等。
举证责任倒置是指患者以医疗机构为被告提起诉讼时，应由医疗机构对自己的过错及行为与结果之间的因果关系负举证责任。这种诉讼就是推定医疗行为与损害结果有因果关系及存在过错，医疗机构必须通过举证来推翻因果关系和过错推定，方能免责。这一规定施行后，医疗纠纷案件明显增多，大多是患者的误解使然。举证责任倒置，并不意味着免除患者的举证责任。患者一定要提供医疗机构是否违约、是否存在医疗行为、损害结果以及这一后果系在医疗过程中产生的证据。
(五)案由
最高人民法院《关于印发〈民事案件案由规定(试行)〉的通知》在第三十八类服务合同纠纷中规定了“医疗服务合同纠纷”。这显然是指诉争双方的法律关系为合同关系、原告选择对方承担违约责任而行使请求权时的案由。在第二部分第八类人身权利纠纷中规定的“医疗事故损害赔偿纠纷”这一案由，是指因医疗事故提起诉讼的案由。但其不能涵盖其他医疗纠纷引起损害赔偿案件争议的性质，虽然医疗纠纷大部分是以医疗事故引发的，但并非医疗纠纷就属于医疗事故。应将该案由修正为“医疗行为损害赔偿纠纷”较妥。
