所谓举证责任倒置是指提出主张的一方不负举证责任，而应当由反对的一方就某种事实的存在或不存在负举证责任，如果其不能就此举证证明则要承担败诉的后果。它是以法律要件分类说作为分配举证责任的前提标准，是对该举证责任分配的局部修正、补充和变通。
首先，医院与患者之间发生的侵权纠纷并不都适用医疗纠纷“举证责任倒置”。司法解释中明确规定医疗纠纷“举证责任倒置”仅适用于因医疗行为引起的侵权纠纷，如果医院与患者之间的纠纷不是因医疗行为引起的，则不适用关于医疗纠纷 “举证责任倒置”的规定，应该按一般的民事侵权案件诉讼，适用民事诉讼法中“谁主张、谁举证”的证据分配原则。
其次，即使是因医疗行为引起的侵权诉讼，医院的举证责任也不是完全的“倒置”，司法解释规定的只是部分举证责任倒置，患者也承担一定的举证责任，即对侵害事实的成立承担举证责任。最高人民法院关于医疗纠纷“举证责任倒置”的司法解释颁布后，许多患者对该规定产生了误解，认为只要是因医疗行为引起的侵权纠纷，均由医院承担举证责任。
对此，最高人民法院民一庭负责人就审理医疗纠纷案件的法律适用问题答记者问时明确指出：“第一、患者应当承担初步举证责任。在医疗损害赔偿诉讼中，患者应当对损害赔偿请求权的成立，负有初步的举证责任。即原告首先应当证明其与医疗机构间存在医疗服务合同关系，接受过被告医疗机构的诊断、治疗，并因此受到损害。这种证据法理论上“提出证据责任”。如果患者不能提供证据对上述问题提供证据予以证明，其请求权是不能得到人民法院支持的。
第二、举证责任是可以转移的。如果患者对损害赔偿请求权成立的证明达到了表见真实的程度，证明责任就向医疗机构转移。也就是说这样的情况下，医疗机构应当提供证据反驳原告的诉讼请求，即医疗机构应当证明其医疗行为与损害结果之间不存在因果关系或其医疗行为没有过错，这是合情合理的。如果医疗机构不能提出具有合理说服力，足以使人信赖的证据，医疗机构就要承担败诉的结果。
从这种意义上讲，“医疗侵权”的举证责任并非倒置，而是举证责任转移的结果。”由最高人民法院民一庭负责人就审理医疗纠纷案件的法律适用问题答记者问可以看出，即便是因医疗行为引起的侵权诉讼，也并不是完全举证责任倒置，而是部分的举证责任倒置。
最后，最高人民法院司法解释中确定医疗纠纷举证责任倒置是有依据的。
首先，根据举证责任分配的原理，举证责任公平分配应考虑举证的可能性，这是由证据距当事人距离的远近决定的。由于医疗过程的高技术性和信息的不公开性，作为患者的原告距离证据的来源较远，取的证据的可能性甚微，如果按照“谁主张，谁举证”的原则，作为原告的患者一方几乎注定要败诉。相反，作为被告的医院，掌握着各种医疗专业知识和技能以及各种诊疗常规和操作规程，医务人员可以从多方面来证明自己没有过错，要拿出相应的证据并不能，因此由医院对过错事实承担举证的责任，更有利于查清事实，符合举证责任的实质分配要件。
其次，对医疗纠纷因果关系和医疗过失的认定，涉及医疗领域的专门问题，一般都需要通过医学会组织专家进行医学鉴定才能认定。医疗机构所承担的举证责任无非是申请医学鉴定、启动鉴定程序。这种意义上的举证责任倒置，对医疗机构而言并没有明显加重其负担，完全没有必要对这个问题过渡的担心。
