建立仲裁机构医疗纠纷，尽管也是以赔偿为目的，但它属于侵犯人身权的范围，而《仲裁法》的受案范围并不包含人身损害赔偿纠纷，医疗纠纷不在此列，因此，需构建特别的仲裁机构，即医疗纠纷仲裁委员会。其可以比照劳动仲裁委员会的模式建立，分别设立在地区、市级卫生行政部门之下，由卫生行政部门进行管理，实行一裁制。国家、省、县、乡卫生行政部门可不必建立。仲裁员可以由卫生行政部门进行招聘，凡是具有医学、法学知识，通过国家司法资格考试的人员，都可以作为仲裁员。医疗纠纷仲裁委员会也可以吸纳卫生行政人员、法学家、律师、医学专家、社会人员作为兼职仲裁员。每次进行仲裁活动时，可随机予以抽选，以示公正。
《医疗事故处理条例》确定的几种处理方式存在的不足：
（1）自行和解。和解是历史最为悠久的纠纷解决方式。和解容易使对抗不仅在形式上、行为上，而且在心理上、情感上得到消除。和解协议往往更容易得到当事人的自愿履行。尽管和解可以消除纠纷，但其却也常常排斥了本应介入的公权力机关对相关责任人的追究，这有违法治的精神。和解中的随意性使得人们对和解的公平性、合法性信心不足；和解协议效力不足也容易导致更大的风险和重复成本。
（2）卫生行政部门处理。由于历史原因，我国卫生行政部门既管理医疗机构，又开办医疗机构。就现在的情况而言，大多数的医疗机构仍属于公有制的公益性服务机构。在部门保护主义以及行业本位主义的影响下，卫生行政部门的处理能否保证其公正性不禁令人质疑。
（1）具有公正性、权威性。具有民间性质，独立于行政机关，是兼职的，不属于仲裁机构，可以避免行政干预；仲裁没有级别和地域管辖，当事人可以在全国范围内选择自己信赖的仲裁机构，能够避免人情 等不公正因素和地方保护主义的干扰；仲裁员从公道正派的专业人员中选聘，有着严格的条件，素质高，作风正，令人信赖。
（2）具有保密性。医疗纠纷案件一直是社会关注的热点，一些新闻媒介热衷于报道、曝光，部分报道误导公众，激化了社会矛盾，甚至或多或少地影响了法官的公正裁判。而一般以不公开审理为原则，仲裁的整个程序和裁决也不公开，仲裁机构成员和仲裁员以及当事人均负有保密义务。整个仲裁过程很少受到外界干扰，这样可以给当事人，尤其是医方留点面子，减轻其怕在声誉上可能受到负面影响的顾虑，也保护了患者的隐私权，医患双方可以在一个和谐的氛围中，化解矛盾。这对于维护社会稳定，缓和社会矛盾有积极的作用。
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