能否妥善地处理医疗纠纷直接关系到病员及其家属和工医疗机构的合法权益，关系到医疗机构在人民群众心中的形象及信任程度，因此，各级卫生行政部门、各级司法部门、各级医疗机构在处理医疗纠纷时，一定要“以事实为依据，以法律为准绳”，本着维护医患双方合法权益的原则，认真、仔细、妥善解决处理。
就我国的国情而言，多年来，医疗纠纷通常都以卫生行政部门处理为主，一九八七年六月二十九日由国务院颁布的的《医疗事故处理办法》第11条规定：“病员及其家属和医疗单位对医疗单位对医疗事故或事件的确认和处理有争议时，可提请当地医疗事故技术鉴定委员会进行鉴定，由卫生行政部门处理不服的，病员及其家属和医疗单位均可在接到结论或者处理通知书之日起十日内，向一级医疗事故技术鉴定委员会申请重新鉴定或者向上级卫生行政部门申请复议，也可以直接向当地人民法院起诉。”这里进一步明确了由卫生行政部门处理医疗纠纷或事故的行政法律地位。
《医疗事故处理办法》自实施以来，在实践中确实起到过很大的作用，为医疗机构及卫生行政部门在处理医疗纠纷或事故时制定了标准和依据，卫生部依据此办法解决了许多医疗纠纷和医疗事故，自一九八七年国务院颁布《医疗事故处理办法》至今已九年有余，在这九年间市场经济体制逐步建立，卫生工作改革不断深入，医药价格多次调整，新的科学技术不断应用于临床，国民平均经济收入也有不同程度的提高，国家的政治、经济以及法律、法规诸多方面都发生了较大的变化，使得九年前颁布的《医疗事故处理办法》中有些条款、规定已逐渐不能适用现在的实际情况，许多专家已提出修改《医疗事故处理办法》的建议，有些学者还发表了论文讲述各自在工作实践中的体会。就《医疗事故处理办法》中的有关条款阐述自己的观点，但在《医疗事故处理办法》尚未修以前，我们各级医疗卫生部门在处理医疗纠纷或医疗事故中仍应依据《医疗事故处理办法》进行工作。
当医疗事故或纠纷发生后，医疗单位尽快组织有关人员对事的进行认真的调查、了解，诚恳地向病员及其家属说明真相，取得谅解。原则上医疗单位应与病员及其家属根据《医疗事故处理办法》的规定进行协商解决、处理。当协商无效而发生争议时既可提请当地医疗事故技术鉴定委员会进行鉴定，由卫生行政部门根据鉴定结论进行处理。
通过鉴定是事故的，应根据事故的等级给予一次性的经济补偿，补偿标准由省、自治区、直辖市的人民政府确定。
我国的医疗单位目前没有专门的“事故赔偿经费”，大多数都是从卫生事业费中支出，长此下去势必会影响医疗单位的事业发展，就目前情况而言，安全按《医疗事故处理办法》中规定的金额执行已无法满足患者及其家属的要求，以致事故无法处理下去，医护人员目前也是低收入工资，由个人负担也不现实，今后将怎样合理理解决定这一问题，有待商榷。
