中外合作经营企业在利润分配方式上有较大的灵活性：既可以实行利润分成也可以实行产品分成。分成比例按双方在合同中的约定，同时可以按此约定承担风险和亏损。中外合作经营企业中，合作各方可以约定在合作项目投资或开业后一定期间内，由外国合作者逐年回收其投资本金，到合作期满时，全部投资收回，合作企业的全部固定资产归中国合作者所有。
为了防止外国合营者先行回收投资后影响对合作企业债务的承担，损害债权人和中方合作者的利益，《中外合作经营企业法》又规定，外国合作者在合作期内先行回收投资的，中外合作者应当按照有关法律的规定和合作合同的约定对合作企业的债务承担责任。
