一、未经行政审批的合同效力问题
根据我国法律、行政法规的规定，外商投资企业设立、变更过程中签订的协议、合同多需报经审批机关批准。在此之前，人民法院对于法律、法规规定需经行政审批而未予审批的合同一般认定无效，且否定该种情形合同任何条款的可履行性，各方当事人仅承担无效合同的后果，赔偿责任有极大的局限性。
在早期的合同效力二分法下，应报批而未报批的合同无效。但合同无效显然既不合于法理，也不利于当事人合法权益的保护。因此，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释(一)》改变了此种做法，认为其属于未生效合同。详细规定在第九条第一款。《规定(一)》承继了以上思路，明确规定未经行政审批的合同法院应当认定该合同未生效。当事人请求确认该合同无效的，人民法院不予支持。
二、外商投资企业股东出资责任的问题
实践中，外商投资企业出资形式多样化，有货币出资、实物出资、知识产权出资等，纠纷较多的是以土地、房产等需要办理登记手续的标的物出资的情况。如果出资股东既未将标的物交付外商投资企业使用，又未办理登记手续，应属未履行出资义务，股东权益将受到限制。对于已经实际交付使用，仅未办理登记手续的，《规定(一)》明确规定，出资股东如果在人民法院指定的期限内办理了登记手续，应认定履行了出资义务，对其他股东关于限制其股东权益的请求不予支持。但是，因迟延办理登记手续，给中外合资企业造成损失的，应承担相应的赔偿责任。因此，投资者需要关注该条的有关规定，并在合资协议等就出资，特别是实物出资等问题进行详细约定、明确步骤、确定各方的违约责任等。
三、股权转让合同未经审批的处理问题
(一)转让方拒不履行报批义务的处理办法
与其他类型的企业一样，在外商投资企业的经营发展过程中，投资者转让股权的现象也时有发生。根据法律、行政法规的规定，外商投资企业的股权转让合同需报经审批机关批准。因此，外商投资企业股权转让合同成立后，转让方和外商投资企业应依法履行报批义务。
外商投资企业股权转让合同签订后，转让方往往在股权价值升高的情况下，不履行报批义务，致使合同不生效。为此，《规定(一)》明确了多种救济途径：
(1)经受让方催告后，转让方在合理期限内仍不履行，受让方可以通过提起诉讼，迳行选择解除合同、赔偿损失，损失范围一般应为业已实际发生的损失;
(2)受让方可以请求人民法院判令转让方及外商投资企业在一定期限内共同履行报批义务，并且可以同时请求在转让方和外商投资企业于生效判决确定的期限内不履行报批义务时自行报批;
(3)转让方拒不履行人民法院关于由其履行报批义务的判决，受让方可以另行起诉，请求解除合同、赔偿损失，赔偿损失的范围包括股权差价损失、股权收益及其他合理损失，使转让方因不履行报批义务所获得及可能获得的利益归属于受让方，进而达到促成转让方自觉履行报批义务之效果。
实践中还可能出现这样一种情形，根据人民法院生效法律文书，转让方、外商投资企业或者受让方就外商投资企业股权转让合同报批，但最终因某种原因未获外商投资企业审批机关批准。针对此类情形，《规定(一)》指出，受让方有权另行起诉，请求转让方返还其已支付的转让款的。受让方请求转让方赔偿因此造成的损失的，人民法院应根据转让方是否存在过错以及过错大小认定其是否承担赔偿责任及具体赔偿数额。
(二)受让方不按约定支付股权转让款的处理办法
股权转让纠纷中，除了前面谈到的转让方拒不履行报批义务的情形，在实践中亦同时存在受让方不按约定支付股权转让款、对股权待价而沽试图毁约的情形。《规定(一)》对此作出了如下规定：
一是如果外商投资企业股权转让合同约定受让方支付股权转让款之后转让方才履行报批义务，而受让方未支付转让款且经转让方催告后仍未在合理期限内履行付款义务，转让方可以向人民法院起诉，请求解除股权转让合同，并要求受让方赔偿相应的损失;
二是如果转让方起诉要求受让方支付转让款而非解除合同，法院应中止审理案件，给转让方一定的期限办理报批手续，在审批机关的审批结果出来后恢复审理。股权转让合同被批准的，法院支持转让方关于受让方支付转让款的诉讼请求。这样处理是为了避免法院一旦判决支持了转让方要求受让方支付股权转让款的诉讼请求后，股权转让合同不能获得批准而导致转让方和受让方出现新的纠纷。
(三)股权转让合同未获批准的处理办法
如前所述，外商投资企业的股权转让合同需报经审批机关批准。在企业实务操作过程中，在股权转让合同签订以后、审批以前，受让方往往就已经实际参与外商投资企业的经营管理。然而有时事与愿违，股权转让合同由于某种原因未获得审批机关批准，此时就出现了受让方退出外商投资企业经营管理以及受让方经营管理期间的收益如何处理的问题。对此，《规定(一)》规定，转让方请求受让方退出外商投资企业的经营管理、并将受让方因实际参与经营管理而获得的收益在扣除相关成本费用后支付给转让方的，人民法院应予支持。
四、股东优先购买权问题
股权转让涉及老股东的同意权与优先购买权问题。之前关于老股东的同意权，有关外商投资企业的法律和《公司法》的规定有非常明显的区别。《公司法》72条对股权转让的问题采取的是一个鼓励转让或者说强化股权可流转性的态度，而有关外商投资企业的法律则要求转让必须获得除转让人外的其他所有股东的同意，否则转让无效。如果按照《公司法》的规定，只要半数以上股东同意，即可对外转让股权，但有关外商投资企业的法律则要求其他股东全部同意，如果没有其他所有股东的签字，没有董事会决议，行政部门就不会批准股权转让。根据《规定(一)》第十一条的规定可以看出，与股东以外第三方签署的股权转让合同并不认定无效，而是认为可撤销。因为优先购买权的目的是为了保护老股东。只有老股东知道自己知道不知道应该行使优先购买权，而不能把这个权利交给合同的双方当事人。只有不同意的老股东才有权提出来，
这也符合法律精神。需要注意的一个问题是，既然是撤销权，就存在一个1年的除斥期间的问题。
五、股权质押合同问题
《规定(一)》规定了股权质押合同即使没有审批机关批准，该合同仍然是生效合同，对股权质押各方均具有合同上的债的效力。而根据《外商投资企业投资者股权变更的若干规定》，未办理审批和备案的质押行为无效。笔者认为，规定设立股权质押的合同无须报批即可生效，并不会侵害审批部门的审批权。一方面，设定股权质押的合同本身并未导致股权的变动，也不影响外商投资企业的经营管理，因此不能将其与股权转让等其他导致股权变更的情形相提并论。另一方面，尽管设定股权质押的合同无须报批，但股权质押的实现因为涉及股权的变动，仍须报批，从而股权质押仍未脱离审批部门的行政规制。事实上，此种做法不仅没有侵害审批权，还有利于强化审批部门对外资的管制。
六、隐名投资问题
在司法实践中，外商投资企业领域存在大量隐名投资的现象。除个别隐名投资是为了规避行政监督或有关法律强制性规定外，多是出于投资的便利，不宜或不便具名等原因。如果不区别情况一律作否定性评价，不仅不能公平地保护投资人的合法权益，亦会挫伤投资者的积极性。因此，司法解释除了对违反或规避我国法律、行政法规的隐名投资协议认定无效外，对隐名投资根据不同情形分别规定了相应的救济措施：
(一)关于隐名投资者的股东身份确认问题
《规定(一)》有条件地支持隐名投资者关于确认其股东身份的请求。在隐名投资的情况下，实际投资者与外商投资企业名义股东之间就外商投资企业的股权产生争议，实际投资者往往要求人民法院在判决中直接认定其在外商投资企业中的股东身份和股权份额。但是，由于外商投资企业的股权变动必须经过审批机关的审批，而人民法院不应代替审批机关的审查，因此，人民法院一般不宜支持实际投资者关于确认其股东资格的诉讼请求。实践中，一些法院在审理案件的过程中，就外商投资企业的股权变更问题取得了审批机关的支持，审批机关明确表示，人民法院如果在判决中直接对外商投资企业的股权作出变更的，审批机关将随之变更审批。《规定(一)》对这种做法给予了肯定，即：如果具备一定条件，人民法院可以在判决中直接确定外商投资企业批准证书记载的股东以外的人在该外商投资企业中的股东身份和股权份额。这些条件应当同时包括：(1)实际投资者已经实际投资;(2)其他股东认可实际投资者的股东身份;(3)人民法院或当事人在诉讼期间就将隐名投资者变更为股东征得了外商投资企业审批机关的同意。
(二)关于委托投资协议的效力、履行和违约责任
首先，《规定(一)》肯定了委托投资协议的法律效力。只要不具有法律、行政法规规定的无效情形，委托投资协议就是有效合同，人民法院不能仅因未履行审批手续而认定未生效或无效。
其次，《规定(一)》支持实际投资者根据委托投资协议请求名义股东履行约定的义务，包括请求名义股东按协议给付外商投资企业已分配的利润及其他权益的。同时，《规定(一)》对名义股东的报酬请求权，也酌情予以支持。
再次，针对名义股东不履行委托投资协议，严重损害实际投资者权益的情形，肯定了实际投资者单方面解除合同的权利。名义股东因违约给实际投资者造成损失的，应承担违约责任。
最后应该指出的是，实际投资者与外商投资企业名义股东之间的委托投资协议协议仅约束双方当事人，不得对抗外商投资企业。因此，《规定(一)》规定，实际投资者不得直接向外商投资企业请求行使股东权利。
(三)关于委托投资协议无效的处理
司法实践中，由于委托投资协议违反或规避我国法律、行政法规而被认定无效的情形也并不鲜见。在委托投资协议无效情形下，如何公平处理名义股东名下的股权，关乎合理平衡双方当事人利益。《规定(一)》区别不同情况确定了不同的处理规则：
在股权价值高于投资额时，可判令名义股东仍持有股权，或通过拍卖、变卖相关股权，而向实际投资者支付投资款。对股权溢价部分，根据实际投资情况和名义股东参与经营管理的情况，在二者之间合理分配;
在股权价值低于实际投资额时，可判令名义股东向实际投资者支付与股权价值相当的投资款，或通过拍卖、变卖相关股权向实际投资者返还投资款。至于相应损失，则按过错原则分担，具体说，就是看名义股东是否有过错以及过错大小。
此外，《规定(一)》对名义股东与隐名投资人恶意串通损害国家、集体或第三人利益的情形，规定了相应的民事制裁措施，即“人民法院应当将因此取得的财产收归国家所有或者返还集体、第三人”。
特别需要说明的是，作出上述规定的意图并非是鼓励隐名投资，而是针对现实中客观存在的隐名投资现象，在法律框架内寻求对当事人民事权益予以救济的途径。隐名投资存在较大的法律风险，投资者对此要有充分的考量，以选择具名投资进行规范运作为宜。
七、清算及破产法律适用问题
外商投资企业与其他国内企业一样，当其出现解散事由而退出市场时，如果财产足以偿还全部债务，则应依法通过包括自行清算和强制清算在内的解散清算程序来清理债权债务，在其全额清偿完毕所有债务并且分配完毕剩余财产后终止法人资格;当其通过解散清算不能清偿到期债务并且财产不足以偿还全部债务，或者明显缺乏清偿能力的，则应通过破产清算程序来公平清偿债务后终止法人资格。
(一)公司制外资企业清算法律适用
在我国公司制外资企业清算法律制度演变过程中，自2006年1月1 日起施行的《中华人民共和国公司法》，和2008年1月15日发布实施的《国务院关于废止部分行政法规的决定》决定废止1996年 6月15日国务院批准发布的《外商投资企业清算办法》具有重大影响。也即：自2008年1月15日起至今，我国关于公司制外资企业清算的法律适用一般适用现行修订后的《中华人民共和国公司法》的有关规定。在适用现行《公司法》有关外资企业清算的一般法律适用原则时，首先应注意的是，根据《公司法》第二百一十八条关于“外商投资的有限责任公司和股份有限公司适用本法;有关外商投资的法律另有规定的，适用其规定”的明确要求。可以得出在外商投资企业清算法律适用时，应以作为“外商投资的法律”的、由全国人大及其常委会根据《立法法》制定的法律——《中外合资经营企业法》、《中外合作经营企业法》和《外资企业法》为特别法优先适用。
现行《公司法》关于公司制企业因解散而进行清算的情形，除了原《公司法》和《中外合资经营企业法》、《中外合作经营企业法》、《外资企业法》均规定了的按章程规定解散、权力机构决议解散等自愿解散和行政机关强制解散这两类解散情形外，还增加了司法强制解散作为公司清算的第三类情形，以通过股东提起清算的方式来解决实践中大量出现的已陷入“公司僵局”的公司制企业无法组织清算的问题。《公司法》规定：“公司因下列原因解散:(一)公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现;(二)股东会或者股东大会决议解散;(三)因公司合并或者分立需要解散;(四)依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销;(五)人民法院依照本法第一百八十三条的规定予以解散;公司法第一百八十三条规定：“公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民法院解散公司”。根据上述法律适用原则，该两条的相应规定应同样适用于公司制的外商投资企业。
同时，作为公司解散后的必要制度安排，《公司法》在第一百八十四条中规定：“公司因本法第一百八十一条第(一)项、第(二)项、第(四)项、第(五)项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算”。同理，该条规定同样适用于公司制外商投资企业，故在上述四种(三类)解散事由出现后，应对公司制外商投资企业按公司法的一般法规定，除因经营期限届满前提前解散须按相应特别法规定经审批机关前置批准外，其他上述解散情形均无需经过审批机关批准而可直接进入清算程序进行清算，也不得再适用已废止的、作为特别法的《外商投资企业清算办法》。也即现已不能再适用该《外商投资企业清算办法》第三条关于“企业不能自行组织清算委员会进行清算或者依照普通清算的规定进行清算出现严重障碍的，企业董事会或者联合管理委员会等权力机构、投资者或者债权人可以向企业审批机关申请进行特别清算。企业审批机关批准进行特别清算的，依照本办法关于特别清算的规定办理。企业被依法责令关闭而解散，进行清算的，依照本办法关于特别清算的规定办理”的特别法规定，而应适用作为一般法的公司法对公司清算问题的上述法律规范。
值得注意的是，在对公司制外商投资企业适用公司法的一般规定进行清算时，还要特别适用《公司法》第一百八十八条关于“清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，发现公司财产不足清偿债务的，应当依法向人民法院申请宣告破产。公司经人民法院裁定宣告破产后，清算组应当将清算事务移交给人民法院”的一般法规范。这也意味着，前述四种(三类)因公司解散而进行的清算过程中，均可能因经清算发现符合《企业破产法》关于公司“财产不足清偿债务”时而应通过向人民法院申请宣告破产后进入破产清算，而一旦因此进入破产清算程序，又应将《企业破产法》相应破产清算条款作为一般法的法律规范予以适用。
除上述法律法规规定外，在公司制外资企业清算的一般法律适用时，还应统一适用自2008年5月19日起施行的《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定(二)》的相关规定。这些规定中有关公司清算的主要制度构建包括：①公司股东股东以公司被吊销企业法人营业执照未进行清算等为由，提起解散公司诉讼的，人民法院不予受理;②股东提起解散公司诉讼，同时又申请人民法院对公司进行清算的，人民法院对其提出的清算申请不予受理。人民法院可以告知原告在人民法院判决解散公司后，依据公司法第一百八十四条和本规定第七条的规定，自行组织清算或者另行申请人民法院对公司进行清算;③在出现公司解散逾期不成立清算组进行清算、虽然成立清算组但故意拖延清算、违法清算可能严重损害债权人或者股东利益等情形之一时，可以由债权人申请人民法院指定清算组进行清算，或者在债权人未提起清算申请时，由公司股东申请人民法院指定清算组对公司进行清算;④公司依法清算结束并办理注销登记前，有关公司的民事诉讼应当以公司的名义进行;⑤执行未经确认的清算方案给公司或者债权人造成损失，公司、股东或者债权人主张清算组成员承担赔偿责任的，人民法院应依法予以支持;⑥人民法院组织清算的,清算组应当自成立之日起六个月内清算完毕。因特殊情况无法在六个月内完成清算的，清算组应当向人民法院申请延长;⑦有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东未在法定期限内成立清算组开始清算，导致公司财产贬值、流失、毁损或者灭失，债权人主张其在造成损失范围内对公司债务承担赔偿责任的，人民法院应依法予以支持;有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东因怠于履行义务，导致公司主要财产、帐册、重要文件等灭失，无法进行清算，债权人主张其对公司债务承担连带清偿责任的，人民法院应依法予以支持;上述情形系实际控制人原因造成，债权人主张实际控制人对公司债务承担相应民事责任的，人民法院应依法予以支持;⑧有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人未经依法清算，以虚假的清算报告骗取公司登记机关办理法人注销登记，债权人主张其对公司债务承担相应赔偿责任的，人民法院应依法予以支持;⑨公司未经清算即办理注销登记，导致公司无法进行清算，债权人主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任的，人民法院应依法予以支持;公司未经依法清算即办理注销登记，股东或者第三人在公司登记机关办理注销登记时承诺对公司债务承担责任，债权人主张其对公司债务承担相应民事责任的，人民法院应依法予以支持;⑩有限责任公司的股东、股份有限公司连续一百八十日以上单独或者合计持有公司百分之一以上股份的股东，依据公司法第一百五十二条第三款的规定，以清算组成员有违反法律、行政法规或者公司章程给公司或者债权人造成损失的行为为由向人民法院提起诉讼的，人民法院应予受理。
(二)非公司制外资企业清算的法律适用
虽然我国外商投资企业多数以公司的形式设立，但还有包括按《中外合作经营企业法实施细则》规定取得中国企业法人资格的“非公司制合作企业”和“不具有法人资格的合作企业”、符合《外资企业法实施细则》规定的“其他责任形式的外资企业”、根据《合伙企业法》和国务院《外国企业或者个人在中国境内设立合伙企业管理办法》登记设立的“外商投资合伙企业”等涉外非公司制企业。这些非公司制外资企业的清算制度应分别按其企业性质相应适用不同的法律规范。对上述取得中国企业法人资格的“非公司制合作企业”和具有中国法人资格的“其他责任形式的外资企业”，应按其非公司制企业法人性质，在法律的规范层次上适用《民法通则》关于“法人终止，应当依法进行清算，停止清算范围外的活动”和关于“企业法人解散，应当成立清算组织，进行清算。企业法人被撤销、被宣告破产的，应当由主管机关或者人民法院组织有关机关和有关人员成立清算组织，进行清算”的规定。
对于“不具有法人资格的合作企业”、不具有中国法人资格的“其他责任形式的外资企业”等不具有中国法人资格的外商投资企业，不论是作为民法典的《民法通则》还是最高人民法院的相关司法解释，均无相应清算规范规定，只能根据各自企业法规的相应清算的原则规定，在其清算属于破产清算的前提下，将《企业破产法》第一百三十五条关于“其他法律规定企业法人以外的组织的清算，属于破产清算的，参照适用本法规定的程序”的规定作为一般法法律规范规定予以适用。
按照国务院根据《合伙企业法》第一百零八条关于“外国企业或者个人在中国境内设立合伙企业的管理办法由国务院规定”的授权性规范颁布的《外国企业或者个人在中国境内设立合伙企业管理办法》第七条关于“外商投资合伙企业解散的，应当依照《合伙企业法》的规定进行清算。清算人应当自清算结束之日起15日内，依法向企业登记机关办理注销登记”的指引规范规定，对于“外商投资合伙企业”的清算，应以《合伙企业法》相应条款作为一般法规范予以适用，且目前尚无与内资合伙企业清算不同的规定。根据该法的第八十五条、第八十六条和第九十二条的规定，“外商投资合伙企业”在因合伙期限届满而合伙人决定不再经营、合伙协议约定的解散事由出现、全体合伙人决定解散、合伙人已不具备法定人数满三十天、合伙协议约定的合伙目的已经实现或者无法实现、依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销及法律、行政法规规定的其他原因等情形出现时，应当解散，并应当由清算人进行清算;清算人由全体合伙人担任，也可经全体合伙人过半数同意，自合伙企业解散事由出现后十五日内指定一个或者数个合伙人，或者委托第三人担任清算人;自合伙企业解散事由出现之日起十五日内未确定清算人的，合伙人或者其他利害关系人可以申请人民法院指定清算人;合伙企业不能清偿到期债务的，债权人可以依法向人民法院提出破产清算申请，也可以要求普通合伙人清偿。因此，“外商投资合伙企业”的解散清算也分为自行解散清算、行政机关强制解散清算、司法强制解散和破产清算四类，分别适用《合伙企业法》规定的一般清算程序和根据《企业破产法》第一百三十五条关于“其他法律规定企业法人以外的组织的清算，属于破产清算的，参照适用本法规定的程序”的规定准用企业破产清算程序。
在司法解释方面，对非公司制外商投资企业有关破产清算问题，自2008年8月18日起施行的《最高人民法院关于债权人对人员下落不明或者财产状况不清的债务人申请破产清算案件如何处理的批复》作出了规定，债权人对人员下落不明或者财产状况不清的债务人申请破产清算，符合企业破产法规定的，人民法院应依法予以受理。债务人能否依据企业破产法第十一条第二款的规定向人民法院提交财产状况说明、债权债务清册等相关材料，并不影响对债权人申请的受理;人民法院受理上述破产案件后，应当依据企业破产法的有关规定指定管理人追收债务人财产;经依法清算，债务人确无财产可供分配的，应当宣告债务人破产并终结破产程序;破产程序终结后二年内发现有依法应当追回的财产或者有应当供分配的其他财产的，债权人可以请求人民法院追加分配;债务人的有关人员不履行法定义务，人民法院可依据有关法律规定追究其相应法律责任，其行为导致无法清算或者造成损失，有关权利人起诉请求其承担相应民事责任的，人民法院应依法予以支持。它主要解决的是对人去楼空的“植物人企业”，债权人可以通过申请该企业进入破产清算还债的方式予以处理，故可以作为非公司制外商投资企业清算时的法律渊源进行适用。
