外资并购内资企业后可根据其在华的发展定位采取各种组织形式，但由于我国原有三部外资法极其相关法规的限定，外资并购组织形式的选择就没那麽灵活了。
目前，我国只对外商投资企业之间合并的组织形式做了具体规定：即2001年11月22日修订后的《外商投资企业合并与分立的规定》。
该规定明确指出，依照中国法律在中国境内设立的中外合资经营企业、具有法人资格的中外合作经营企业、外资企业、外商投资股份有限公司(以下统称公司)之间合并或分立可以采取吸收合并和新设合并两种形式。
在《指导外商投资方向暂行规定》和《外商投资产业指导目录》的前提指导下，其合并后的组织形式规定为有限责任公司之间合并后为有限责任公司；股份有限公司之间合并后为股份有限公司。上市的股份有限公司与有限责任公司合并后为股份有限公司，非上市的股份有限公司与有限责任公司合并后可以是股份有限公司，也可以是有限责任公司。其中外国投资者的股权比例不得低于合并后公司注册资本的25%.另外，该修订案中也规定，外资公司与中国内资企业合并后为外商投资企业，但是拟合并的中国内资企业必须是依照《中华人民共和国公司法》规范组建的有限责任公司或股份有限公司。该规定存在的问题具体体现在以下三方面：
第一，既然该规定中明确表明外资合并内外资企业后为外商投资企业，那么就必须接受我国现行三部外资法中其中任一部法的约束，但该规定在表述合并后企业的组织形式时，回避了使用合资、合伙与独资的企业经济性质的表述，而直接采用有限责任股份有限公司这些组织形式进行描述，虽然显得清楚明了，却可能造成将来确定公司经济性质时的模糊。
如中外合资企业和中外合作经营企业都可采取有限责任公司的形式，如果一家合资企业和一家合作经营企业都采用有限责任公司，二者新设合并虽然仍是有限责任公司，但其经济性质是合资企业还是合作企业，企业主体可否自行决定?
第二，由于《公司法》中相关公司组织形式的规定与三部单行法的有出入，参照特别法优于普通法的原理，其相关规定相互成立。因为外商投资企业可合并国内有限责任公司，这就可能存在组织机构冲突的问题。如果外资合并方是中外合资企业，根据《合资企业法》的规定，其组织形式是有限责任公司，最高权力机构是董事会，无须设立股东会和监事会，而国内投资主体创办公司必须依据《公司法》规定，即内部必须包括股东会、董事会和监事会。假设一个中外合资企业与国内有限责任公司合并，是否要撤消国内公司原有的股东会和监事会?
第三，该规定只是调整外资企业之间与外资企业与内资公司制企业之间的合并与分立问题，而没有涉及所有非公司制的内外资企业，一旦该类并购交易发生，并购后企业的组织形式便难以确定。
由于我国目前还没有专门法规对收购方式进行说明，假定外资收购内资企业后仍是外商投资企业，即适用现行法，则可能出现以下关于组织形式的问题：
外资企业全资或控股收购内资企业或公司时，由于内资主体依然存在，是否因为它已成为外资企业，而需要重新依照相应外资单行法规定，经过复杂审批程序，并进行相应严格调整以成为真正的外资企业?如中外合作经营企业控股收购一家内资企业，该企业是否就转变成一家外商投资企业?是中外合作经营企业还是合资企业?适用哪部单行法?如果内资主体为有限责任公司，是否要撤消国内公司原有的股东会和监事会?
由上分析可知，外资并购内资企业其组织形式与现行法律可能造成的冲突来源主要是以下两方面：
一是由于三部单行法中三种投资企业可选择的组织形式有重合，易造成并购后的外资企业不易区分是哪类外资企业；
二是由于《公司法》中相关公司组织形式的规定与三部单行法规定的有出入，可能造成并购后企业组织机构设立出现纠纷。
