根据《民法通则》及其配套的司法解释与《国家赔偿法》的规定，民法意义上的侵权责任和职务侵权国家赔偿责任在赔偿计算标准上有以下不同：
(一)在受害人的人身权利受到损害时，两者在赔偿受害人的误工损失、残疾赔偿金、死亡补偿金所参照的标准不同。侵权民事责任参照受诉法院所在地省、自治区、直辖市以及经济特区和计划单列市政府统计部门公布的“城镇居民人均可支配收入”、“农村居民人平均纯收入”、“城镇居民人均消费性支出”、“农村居民人均生活消费支出”数据为准;国家赔偿责任则参照作出赔偿决定时国家统计局公布的上一年度职工年平均工资、日平均工资的数据为准。
(二)两者的计算方法不同。侵权民事责任在赔偿受害人的损失时，参照上述标准，在确定的时间范围内，按照一定的比例进行计算，得出赔偿额，其赔偿总额在理论上是没有最高限额的;国家赔偿责任在支付赔偿金时，则按照上述标准，根据因误工而减少的收入、伤残程度酌情进行赔偿，其赔偿额在理论上有最高限额，即误工损失最高限额为国家职工年平均工资的5倍、部分失去劳动能力的最高限额为国家职工年平均工资的10倍、全部失去劳动能力的最高限额为国家职工年平均工资的20倍。
(三)在受害人全部失去劳动能力或死亡时，对其被抚养人的生活费的给付方式、标准不同。侵权民事责任按一定的标准进行计算，一次性给付;国家赔偿责任则是按当地民政部门有关生活费救济的标准，对被抚养的未成年人支付至18周岁，对其他无劳动能力人支付至死亡时止。
(四)对侵犯人身自由权的，侵权民事责任无相关赔偿规定;国家赔偿责任则按日计算赔偿，标准为国家上年度职工日平均工资。
(五)两者的赔偿范围不完全一致。侵权民事责任与职务侵权国家赔偿责任尽管在人身权利受损害时对受害人医疗费、误工费、残疾赔偿金、死亡赔偿金、被抚养人生活费等赔偿项目设置上有相重叠的地方;但是，根据《最高人民法院关于确定民事侵权精神损害赔偿责任若干问题的解释》第1条的规定，侵权民事行为的受害人有权提起精神损害赔偿的诉求，而职务侵权国家赔偿责任则无此明确规定。
侵权民事行为与职务侵权行为在对受害人的财产权利造成损害时，尽管都规定了返还财产、恢复原状等承担责任的方式;但是，根据《民法通则》第117条3款 “受害人因此遭受其他重大损失的，侵害人并应当赔偿损失”的规定，侵权民事行为对受害人的可得利益、间接损失是应当负赔偿责任的，职务侵权行为则依《国家赔偿法》的规定，负“返还财产、恢复原状或折价赔偿”的责任，按直接损失对受害人予以赔偿，对预期可得利益则不予赔偿。
