一、首先来讲员工“上班迟到”在工作中是个什么性质的行为：
1、劳动者肆意迟到等行为应属于违反劳动纪律，用人单位有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。
2、1982年国务院颁布施行的《企业职工奖惩条例》第十一条、第十二条规定了企业的罚款权，这是我国劳动法律关系中对企业职工罚款的直接法律渊源。然而，《企业职工奖惩条例》已经在2008年1月15日废止。也就是说，2008年1月15日以后，用人单位已经不能再根据该条例的规定在规章制度中设立罚款条款了。
3、可现实中很多用人单位仍然在规章制度中赋予自己对员工罚款的权力，且这种做法还被一些法律理论和实践所接受。
为什么现在还有员工迟到可以扣其工资？---原因有二：
1、首先，法律既要维护劳动者的合法权益，又要考虑保障企业和雇主进行正常、有效的劳动管理和企业管理，维护企业和雇主的合法权益。法律对维护职工合法权益和提高企业管理效益二者都要兼顾；
2、其次，劳动者肆意迟到等行为应属于违反劳动纪律，用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。
3、但是因劳动者的原因造成公司损失可扣除工资。
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%；若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
综上，我们可以知道，上班迟到公司扣员工的工资是不合法的，但在现实生活中，由于法律知识的缺乏与利益的最大化，许多企业是根据上班迟到做一个奖惩制度，所以很难从根本上解决员工迟到属不属于违法的。但是如果因为员工的迟到给企业或公司带了损失则可以扣除工资。
