是否超过了一年的期限就不能认定工伤，不能主张合法权益了呢？答案是否定的。工伤案件属于一种特殊的人身伤害案件。按照上位法优于下位法的原则，在上位法有不同规定时应当适用上位法。在《民法典》中规定，人身损害的诉讼时效是自知道或者应当知道权利受到侵害之日起算一年。如果用人单位一直在负责劳动者的治疗，劳动者知道权利被侵犯是在单位停止对劳动者的治疗时开始。因此，如果没有超过《民法典》规定的人身损害的诉讼时效，法律应当保护其合法的权益。劳动者可以要求劳动仲裁部门出具不予受理的决定书，然后向法院提起工伤赔偿诉讼，由法院作出工伤认定，判定劳动者获得应有的赔偿。
《工伤保险条例》、《工伤认定办法》等法规规定：用人单位未提出工伤认定申请的，工伤职工或者其直系亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起１年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。法律赋予劳动者申请工伤认定的权利，是对劳动者权益保护的需要，也是对用人单位履行申请工伤职责的督促。规定劳动者一年工伤认定申请期限，有利于促使劳动者积极地主张权利，也方便劳动行政部门调查事故情况。但是规定申请期限自事故发生起算，不利于劳动者维护权利。相比而言，《广东省部分法院审理劳动争议案件工作座谈会综述》中的解释更加科学合理。该文件对工伤时效有如下表述：“但工伤事故的时效不应从工伤事故发生之日起算，应从其治疗终结之日或伤残等级评定之日起算。”
１、职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报劳动保障行政部门同意，申请时限可以适当延长。
２、用人单位未按上述规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其直系亲属、工会组织在事故伤害发生之日起１年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。
３、劳动保障行政部门受理工伤认定申请后，根据审核需要可以对事故伤害进行调查核实，用人单位、职工、工会组织、医疗机构以及有关部门应当予以协助。
４、劳动保障行政部门应当自受理工伤认定申请之日起60日内作出工伤认定的决定，并书面通知申请工伤认定的职工或者其直系亲属和该职工所在单位。劳动保障行政部门工作人员与工伤认定申请人有利害关系的，应当回避。
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