由于非法用工单位中的职工得职业病或受到事故伤害的并不是由工伤保险基金赔付，而是由非法用工单位来进行赔偿，所以进行工伤认定的意义不大，而且徒增繁琐，伤残职工与用人单位之间的纠纷很可能因工伤认定而转换成为伤残职工或用人单位与行政机构的行政纠纷，如此一来当事人的权利救济将更加困难。上海、广东、浙江等地高院的指导意见都规定，该种情形通过劳动争议处理途径予以解决，不纳入工伤认定范围。工伤认定的逻辑起点在于劳动关系的存在，如果没有劳动关系这一前提，则伤害只能是一般侵权或意外事故，由此推断没有劳动关系存在的伤害不需进行工伤认定，但不能反过来推理，即不进行工伤认定即意味着不存在劳动关系。用人单位认可劳动者所受伤害的，就不必进行工伤认定。
实践中，劳动能力鉴定委员会以非法用工单位的伤残职工未进行工伤认定为由，不予受理劳动能力鉴定。劳动能力鉴定与工伤认定不同，工伤认定是确定是否补偿的关键，而劳动能力鉴定是决定赔偿或补偿多少的关键。对于非法用工单位的伤残职工进行劳动能力鉴定，对其获得合理的赔偿有利无弊，并不分割工伤保险制度。根据该鉴定结论，劳动争议处理机构或人民法院可以判定用人单位赔偿伤残职工的数额。依照《非法用工单位伤亡人员一次性赔偿办法》第三条规定，非法用工单位伤亡人员的劳动能力鉴定按照属地原则由单位所在地社区的市级劳动能力鉴定委员会办理。仲裁机构或人民法院可委托上述机构予以鉴定，不宜直接委托其它鉴定机构进行劳动能力鉴定。
