年终奖个人所得税计算方法为：应纳税额＝应纳税所得额（即年终奖的总额）×适用税率－速算扣除数年终奖／12＝商数，商数确定适用税率和速算扣除数。
如果员工发放奖金当月的工资超过5000，那么先将员工当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，按其商数确定税法规定的适用税率和速算扣除数。
１、员工当月的工资薪金超过3500元，再发放的年终奖单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税。全年一次性奖金，单独作为一个月计算时，除以12找税率，但计算税额时，速算扣除数只允许扣除一次。
２、员工当月的工资薪金不超过3500，再发放的年终奖单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税。但可以将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，作为应纳税所得额。其中“雇员当月工资薪金所得”以收入额扣除规定标准的免税所得（如按规定缴纳的社会保险和住房公积金等）后的数额。
３、员工一个年度在两个以上单位工作过，只能按照国税发［2005］9号文件规定，在一个纳税年度内，对每一个纳税人年终奖计税办法只允许采用一次，纳税人可以自由选择采用该计税办法的时间和发放单位计算。
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