《招标投标法》颁布十年来，在实际执行过程中也存在一些不足，就实施过程中质疑和投诉存在如下几点问题：
1 对失信惩戒机制缺乏必要的保障体系
失信惩戒机制是信用体系的重要组成部分，是对守信者进行保护、对失信者进行惩罚、发挥社会监督和约束的制度保障。但这些惩戒措施还缺乏强有力的法律法规支持。在立法方面，虽然对招投标主体的市场行为都有法律条款和相应的处罚规定，但这些仍不足以对失信行为形成有力的法律规范和约束，同时，有法不依和执法不严的问题也相当严重，未达到违法程度的失信行为未得到相应的惩罚，社会信用严重失衡。到目前为止，国家还没有相应的法律法规，对工程建设领域的信用体系建设作出明确的规定，对市场各方主体的失信行为，行政监督机构缺乏相应的监督手段和措施，同时，对于失信单位惩戒措施力度不够，大部分都采取曝光，并未与资质资格升级挂钩，没有起到应有的惩戒作用。
《招标投标法》第32条规定：“投标人不得相互串通投标报价，不得排挤其他投标人的公平竞争，损害招标人或者其他投标人的合法权益。”规定中，投标人不得相互串通投标报价，虽然很好理解，但是很难操作。尽管目前竞争激烈，很多投标人都串通起来图标，严重损害了招标人的利益。但是评标专家委员会仅从投标人的投标文件是基本无法判断投标人之间是否相互串通投标报价的。第33条规定：“投标人不得以低于成本的报价竞标，也不得以他人名义投标、或者以其他方式弄虚作假，骗取中标。”规定中，禁止投标人以他人名义参与投标，是为防止投标人搞欺诈行为获得标的利益，若投标人弄虚作假，以欺骗的手段提供虚假信息和要约，导致预期的合同主体及关系发生转移，造成招标不公正、合同利益不能保证。本条的此项规定比较明确，但是，具体由什么部门来操作，操作后如何公布和具体的处罚细则却没有，条款的可执行度不高。条款中规定招标人不得以低于成本的报价竟标，则很难理解、把握和操作，评标专家委员会在评审中经常碰到投标人报价明显低于成本的情况，但是很难判定，判定废标一般都需要充足的理由和依据，如不充分将会导致投标人的投诉。因此评标委员会从慎重处理的角度评审，一般不废标。
造成上述问题的关键是我国没有建立一套全国通用的建设领域信用体系。信用体系是整顿和规范建筑市场秩序的治本之策，也是保证建筑业改革和发展的重要举措。建立建设领域信用体系必须要有法律保证，一方面国家应有计划地制定颁发全社会信用体系的相关法律和行政法规;另一方面，建设系统应出台配套有关建设领域信用体系相应的部门规章和规范性文件，使信用体系的建设和运行实现制度化、规范化，做到有法可依，包括对信用信息的采集、整理、应用和发布，对信用状况的评价，以及对征信机构的管理等。构建起全国建筑市场诚信信息平台，实现信息互通。在现有的信用档案系统的基础上，解决地区间企业信用信息数据的兼容共享问题，并逐步实现网络化。建立健全信用信息记录系统和信用档案管理系统;构建失信惩戒机制，加大违法成本。充分调动和发挥各方在信用体系建设中的作用。对严重的失信行为，要及时将其违法违规事实公开，采取社会、行政、经济、法律等综合惩治措施，对有失信行为的企业和人员依法公布、或予以行政处罚，依法追究失信者法律责任，提高失信成本，使失信者得不偿失。构建全国性的建筑市场诚信信息平台，如由中国建筑业协会设立网站作为诚信信息交流、发布的窗口，逐步建立可向社会开放的建筑市场守法诚信信息平台;要求相关业务监管部门把对建筑市场主体违法违规行为的日常处罚决定和不良行为记录及时整理，并按照各自权限通过监管综合信息系统自行上网记录，形成基础性诚信信息，为诚信评价提供信息保障。
2 招投标活动中质疑与投诉法规不健全
为规范招投标活动，加强对招投标的社会监督，《招标投标法》赋予了投标人及利害关系人招投标投诉的权利，招投标投诉处理也就成为了招投标行政监督部门的一项重要工作内容。建设工程招标程序比较复杂，一般包括十多项工作内容，可能有投标人对招标流程中的一些工作环节发出质疑或投诉，以保护自身的合法权益。一般而言，投标人的质疑或投诉多集中在资格预审、开标、评标和中标等环节。但在目前招投标相关法律体系尚不健全、招投标行业尚待进一步规范、招投标行政监督部门职能有待进一步提高的情况下，招投标投诉处理中暴露出了众多的法律问题。
3 投诉主体资格难以认定
在行政监督部门处理投诉人的投诉时，首先应对投诉人是否具有合格的主体资格进行判定，根据《招标投标法》第65条的规定，投标人和其他利害关系人都可以向行政监督部门提出投诉，即规定招投标投诉主体包括投标人和其他利害关系人两类，但“其他利害关系人”的概念非常模糊，投诉主体的资格认定也就成为了投标投诉处理案件中需首先面对的一个较为棘手的法律问题。
为了明晰建设工程招投标投诉主体的范围，《工程建设项目招标投标活动投诉处理办法》对其他利害关系人的范围进行了界定，“即指投标人以外的，与招标项目或者招标活动有直接和间接利益关系的法人、其他组织和个人。”尽管有上述规定，但“与招标项目或者招标活动有直接和间接利益关系”仍是一个无法量化的标准。同时，《工程建设项目招标投标活动投诉处理办法》中也规定，“投诉人不是所投诉招标投标活动的参与者，或者与投诉项目无任何利害关系”的，行政机关不予受理。
因此，判断投诉人是否具备合格的投诉人主体资格，即是否“与招标项目或者招标活动有直接和间接利益关系”，应当由招投标投诉处理部门依据具体的案件情况予以判定。
4 对投诉书形式的要求不够严密
为了防止投诉人滥用投诉权、规范投诉人的投诉行为，我国法律规定投诉人需以提交投诉书的方式进行投诉，并对投诉书的形式及内容设置了严格的要求。以建设工程相关招投标项目为例，《工程建设项目招标投标活动投诉处理办法》第七条就对投诉书的内容及形式提出了如下要求：
a)投诉人的名称、地址及有效联系方式，
b)被投诉人的名称、地址及有效联系方式，
c)投诉事项的基本事实;
d)相关请求及主张，
e)有效线索和相关证明材料。
虽然上述规定极大限制了投标人滥用投诉权进行恶意投诉，但当市场竞争激烈，尤其自2008年底经济危机开始至今，投诉率比往年增加了好几倍。其中大部分是对《招标投标法》的理解不当，在质疑阶段经招标人和招标公司的耐心解释而未上升到投诉阶段。也有一部分投标人是抱着和招标人“作战到底”的态度，即使其提出的问题是经不起推敲的，但其把对招标人的投诉作为和招标人进行谈判的砝码，如果招标人愿意承诺给予其它机会，其也会同意撤回投诉。虽然最终以撤诉告终，但漫长的谈判耗尽了招标人的精力，也推迟了整个项目的进度，给招标人造成了极大的损失，同时招标人对招标也产生厌恶情绪。
