投标保证金作为投标人随投标文件一同递交给招标人的一定形式、一定金额的投标责任担保，对于约束投标人随意撤回投标文件、中标后不签约合同，防止投标人为了中标弄虚作假、串标围标，保障招投标活动的市场秩序具有积极的意义，但实践中投标保证金还存在许多问题，
条例在第二十六条、第三十条、第三十一条、第三十五条、第四十条、第五十七条、第六十六条、第七十四条共八条体现了投标保证金的规定，其中对限额、有效期、转出帐户、利息返还、中途退出投标的投标人的保证金返还等作出了新的规定。
相对本条的规定，《招标投标法》并未作出任何关于投标保证金的规定，而是由部门规章作出了补充性的规定。
从上可以看出条例本条的规定对于投标保证金带来了以下一些变化：
(1)取消了上限的限制
相对部门规章中规定的工程施工、货物80万元，勘察设计10万元投标保证金的上限，条例没有设置，且保证金收取的基准价即项目估算价一般本身高于投标人的投标价，今后，上不封顶的几百万元、上千万元的投标保证金将合法出现，投标人的负担和风险将增加许多。
(2)计算基准价发生了变化并更具有实践操作性
条例以招标人的项目估算价的2%计取上限，而部门规章以投标的投标报价的2%计取，这种计算方法更加具有实践操作性，因为项目估算价本身是一个较为固定的值，比如以概算为依据，招标前的初步设计中就已经确定了，而投标报价因投标人不同而不同，且数值往往在临近开标才能确定，如果投标人以报价的2%作为投标保证金提交的数值会造成各个投标人提交的保证金数值不一样，也容易从保证金的数额反算到投标人的报价，而保证金本身在投标文件之前到达，不利于投标报价在开标前的保密。
(3)投标保证金有效期发生了变化
工程建设项目施工招标投标办法》(七部委30号令)将投标保证金有效期规定为超出投标有效期三十天，《工程建设项目货物招标投标办法》(八部委27号令)将投标保证金有效期规定为与投标有效期一致，《工程建设项目勘察设计招标投标办法》(八部委2号令)未作规定，而条例统一为与投标有效期一致。
(4)投标保证金转出帐户作出了基本帐户的限制性规定
根据《人民币银行结算账户管理办法》的规定，单位银行结算账户按用途分为基本存款账户、一般存款账户、专用存款账户、临时存款账户。其中基本存款账户是存款人的主办账户，一个单位只能开立一个，用于存款人日常经营活动的资金收付及其工资、奖金和现金的支取;一般存款账户用于办理存款人借款转存、借款归还和其他结算的资金收付，该账户可以办理现金缴存，但不得办理现金支取;专用存款账户用于办理各项专用资金的收付;临时存款账户用于办理临时机构以及存款人临时经营活动发生的资金收付。
根据上述办法规定和投标保证金可以看出，投标保证金从哪个帐户转出该办法并未作出限制性规定，正是因为如此，投标保证金可以不受限制地从基本帐户以外的帐户转出，在一定程度为串标围标提供了可乘之机，因为相比基本存款帐户(一个单位仅有一个，帐户所在地一般为公司法定住所即公司主要办事机构所在地，公司总部直接监管)，一般存款账户、专用存款账户、临时存款账户来说，更容易开具，更不容易监管。
条例对投标保证金必须从基本帐户转出的规定更加真实体现投标人的投标意图，对于减少串标围标的可能具有积极的意义，但需要注意的是，本条仅对现金或者支票形式提交的投标保证金要求从基本账户转出，这就意味着以银行保函形式提交的投标保证金可以从其他帐户办理;另外，投标保证金从基本帐户转出仅限境内投标单位，考虑到与国际接轨，境外单位银行帐户并无基本帐户之规定，条例未作出限制性规定。
(5)对挪用投标保证金作出了限制性规定
投标保证金作出为每一个投标人在递交投标文件前提交的责任担保，动辄以每一标段几十万元、合计金额上亿元，期限一般短则二三个月，长则半年以上，投标保证金常被招标人挪作定期存款、当作开工预付款付给中标人，甚至被抽逃用作其他非法目的，这一限制性规定对于限制招标人挪用投标保证金具有积极的意义，但遗憾的是，条例并没有对挪用投标保证金的行为作出处罚的规定。
