第十二条 登记机关应当在收到设立申请文件之日起十五日内，对符合本法规定条件的，予以登记，发给营业执照;对不符合本法规定条件的，不予登记，并应当给予书面答复，说明理由。
【释义】本条是对登记机关如何处理个人独资企业设立申请文件的规定。
登记机关收到个人独资企业的设立申请文件，证明个人独资企业的投资人已表明了自己的意愿，提出了自己的设立申请。作为政府主管部门的企业登记主管机关，在接到设立申请文件之后，要根据本法进行审查，审查的期限在本法的规定是十五天，相对其他类型的公司企业而言，时间要短得多，主要是从方便设立简化程序的原则出发的。这就要求企业登记机关要从实际出发，从法律规定的灵活性的原则精神出发，按照本法第八条规定的比较宽松的条件，在规定的期间内对所提申请及所附文件进行审查，进行必要的查验，符合本法第八条规定的条件的，应当予以登记，发给营业执照，个人独资企业就可以开始生产营业了。如果企业登记机关延误了法律规定的期限，给当事人造成损失，要承担相应的法律责任。
企业登记机关按照本法第八条规定的五项条件进行审查，如果发现当事人的申请文件及所附证明不符合法律规定的要求，当然首先是不能登记。其次是本法规定的另一个程序，应当给予书面答复，说明理由。所谓书面答复说明理由，是指以企业登记机关的名义，按照法律规定的条件，对个人独资企业设立申请人提出的申请不予登记的理由的书面说明，既要引述相应法律条文，也应指出申请文件及所附证明不符合法律规定的具体情况，也就是指明作出不予登记的具体行政行为的事实理由和法律依据。并应加盖企业登记机关的印章。对作出书面答复说明理由的期限本条没有作出规定，考虑到本条规定的登记期限为十五日，为保护个人独资企业设立申请人的合法权益，作出书面答复说明理由的期限也应该是在十五日之内。也就是说在作出不予登记决定的期间的同时应作出书面答复说明理由。这也符合一般行政法律的原则。
按照我国有关行政复议法和行政诉讼法的规定，当事人对企业登记机关作出的不予登记的决定可以依法提起行政复议或行政诉讼。
