在绝大部分食品检测标准中都有微生物这一指标，那么食品微生物检测都检些什么，笔者就这一问题走访了质检部门有关专家。
食品中的微生物按照其对人类有无危害可分为两类。一类是有益菌;例如酵母菌、乳酸菌等，可用来酿造美酒或腌制咸菜;另一类是有害菌，例如大肠菌群及其他肠道性致病菌，它们会引起食物中毒或引发传染病。
食品的微生物检测内容比较多。其中，反映食品卫生质量的细菌污染指标是菌落总数和大肠菌群。食品中的细菌数量一般是以单位(g、ml)食品中细菌的个数来计，常用菌落总数来表示。利用菌落总数一方面可以起到监督食品的清洁状态的作用，另一方面可以用来预测食品的保藏期。大肠菌群是肠道致病菌污染的指示菌，它一般直接或间接来自人与温血动物粪便。食品中如检出大肠菌群，就表示食品曾受到污染。
菌落总数和大肠菌群是食品的卫生指标，绝大部分食品都需要检验这两个指标是否合格。其中，菌落总数培养时间是48小时，大肠菌群的检测时间也在24到72小时之间。按照国标要求，菌落总数和大肠菌群是食品企业出厂时必须检验的项目。
除卫生指标之外，食品中还需检验是否含有致病菌(致病菌不得检出)，包括霉菌和酵母菌以及沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌等。致病菌的种类很多，并非所有食品所检致病菌都相同，常检的致病菌有沙门、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌等。
当然，根据产品的类别不同，检测项目也存在差别，一般可以按照产品和原材料等所属的卫生标准来确定检测的项目。例如酸奶需要检测乳酸菌而不需要检菌落总数，而白酒就不需要检测微生物。
