自愿联合原则。农产品市场的繁荣，转移了一大批农业劳动力进入流通领域，形成了由运销专户、农民经纪人、中介流通组织、农产品加工企业、 城镇职业零售商贩以及季节性、临时性的农民运销队伍组成的市场流通大军，加上政府和相关部门进行监控等，使农产品流通体系主体繁多。而要使农产品流通体系能够顺畅运行，需要所有参与者共同努力，遵循自愿联合原则，在共同的目标下互助互利，相互依存。
利益平衡原则。建立合理的利益分配机制是农产品流通体系的内在要求和核心。利益分配关系是农产品流通体系内部各企业、经销商等环节之间的联系纽带，能否处理好利益分配关系决定着流通体系的顺畅程度。农产品流通体系的各个参与主体只有在经营活动的某个水平上达到诱因和贡献的平衡，才能发生、发展和壮大。
