《中华人民共和国种子法》第三十一条规定：
1、从事种子进出口业务的种子生产经营许可证，由省、自治区、直辖市人民政府农业、林业主管部门审核，国务院农业、林业主管部门核发。以上海市为例，种子经营许可证在上海市农业委员会办理。
2、从事主要农作物杂交种子及其亲本种子、林木良种种子的生产经营以及实行选育生产经营相结合，符合国务院农业、林业主管部门规定条件的种子企业的种子生产经营许可证，由生产经营者所在地县级人民政府农业、林业主管部门审核，省自治区、直辖市人民政府农业、林业主管部门核发。
3、前两款规定以外的其他种子的生产经营许可证，由生产经营者所在地县级以上地方人民政府农业、林业主管部门核发。
（1）在本行政区域内申请从事主要农作物杂交种子及其亲本种子生产经营的，应当获得市农业委员会的行政许可。
（2）在本行政区域内申请领取实行选育生产经营相结合、有效区域为全国的种子生产经营许可证的，应当获得市农业委员会的行政许可。
（3）申请从事主要农作物常规种子或非主营农作物农作物种子生产经营，应获得企业注册所在区农业行政主管部门行政许可；注册地无农业行政主管部门的，由市农业委员会核发生产经营许可证。
1、个人或单位负责人签署的《农作物种子经营许可证申请表》；
2、注册资本证明；
3、检验人员的技术资格证明；
4、经营范围包含主要农作物杂交种子及其亲本种子的，还应提交县级以上人民政府同意为指定经营单位的文件；
5、农业科研育种单位申请领取经营范围主要农作物杂交种子及其亲本种子的，还必须提交《品种审（认）定证书》，证明其申请经营的品种（组合）是本单位培育（或引进）并已审定通过的；
6、种子经营场所证明；
7、检验种子质量的仪器设备、加工设备、仓储设施的清单及产权或使用证明；
8、种子管理部门认为需要的其他材料。
以上就是找法网小编为大家整理的关于种子经营许可证在什么部门办理的资料。综上所述，种子经营许可证实行分级审批发放制度，将种子分为上述的三种类型，对于办理种子许可证的部门要求各不相同。若还有疑惑，欢迎咨询找法网律师。
