反垄断法与反不正当竞争法最大的不同之处在于立法理念的差异。
反不正当竞争法是反对企业以假冒、虚假广告、窃取商业秘密等不正当手段攫取他人的竞争优势，其前提条件是市场上有竞争，其目的是维护公平的竞争秩序，保护合法经营者和消费者的利益。因此，这个法律可以简称为公平竞争法，它追求的是公平竞争。而反垄断法则是通过反垄断和反对限制竞争，使市场保持一种竞争的态势，保证市场上有足够的竞争者，保证消费者有选择商品的权利。因为在垄断和限制竞争的情况下，企业失去了竞争自由，反垄断法追求的就是自由竞争，这个法律从而也可以简称为自由竞争法，其目的是保障企业在市场上自由参与竞争的权利，提高经济效率，扩大社会福利。因为反垄断法是规范整个市场的竞争，涉及的问题是全局性的，它在推动和保护竞争方面所起的作用就远远大于反不正当竞争法。
反垄断法与反不正当竞争法的主要区别还表现在：
1、从法律关系主体的权利义务内容上看，反垄断法律关系的主体有依法自由参与竞争并抗拒垄断的权利和不从事垄断行为的义务;反不正当竞争法律关系的主体则有依法从事正当竞争、抵制不正当竞争的权利和不从事不正当竞争行为的义务。
2、从行为方式上看，垄断主要是企业(厂商)以独占、寡占及联合行为等控制市场，排斥或限制竞争，各种形式的垄断协议或垄断组织(托拉斯、卡特尔、辛迪加、康采恩等)是设置市场壁垒，阻碍他人进入市场的通常表现形式，因而，垄断常表现为一种合同行为;不正当竞争行为的形式多种多样，常表现为一种侵权行为。
3、从行为的救济和制裁看，反垄断法自其诞生之初就强调国家或行政机关的主动干预，而无论大陆法国家还是英美法国家，对不正当竞争行为主要采取私法救济，国家对其采取不告不理的态度。不正当竞争行为相对于垄断行为来说，前者主要是侵害私人的利益，因而主要是通过私人诉讼来制止不正当竞争行为，而后者主要侵害的是公共利益，常通过行政程序来制止垄断行为，甚至用刑罚来惩罚严重垄断行为。
4、从法理的正义性及其具体规定的变化看，不正当竞争行为本身违法性是永恒的，在人类法律哲学和道德规范中永远也不会有正名的时侯。而垄断等一些限制竞争行为的违法性是会反复的，体现的是国家在产业政策上的变化。这就决定了反垄断法律制度是相对多变，需要经常修正的，而且这样的修正并非只增不改，常常会改变原本违法的一些行为的性质，对它们放宽限制。
5、从立法必要性及两法在法律体系中的地位和关系看，反垄断法从其调整对象和担负的责任角度应该自成体系，单独立法。反垄断法是调整涉及市场支配地位企业之间的竞争关系的，担负着维持企业自由和规范市场竞争秩序的双重保护任务，需要由专门机构和专门程序来适用它。因此，它需要不同于反不正当竞争法那样的独特的执法体系和机构。因此，单独立法的作法更好些。反不正当竞争法虽然可以单独立法，但民法中的侵权行为法、商标法、广告法、产品责任法等都可以成为反不正当竞争法的主要法律渊源。
6、从性质上看，反垄断法属于公法范畴，主要维护自由竞争的市场结构和公平竞争的机制，反不正当竞争法属于私法范畴，主要维护商业伦理道德和保护经营者的的合法权益。反垄断立法与执法具有宏观特点和政策性，反不正当竞争立法与执法则属于微观领域，限于经营者或消费者。
