修订后的《环境保护法》第59条规定，企业事业单位和其他生产经营者违法排放污染物，受到罚款处罚，被责令改正，拒不改正的，依法作出处罚决定的行政机关可以自责令改正之日的次日起，按照原处罚数额按日连续处罚。
第59条规定的是，企业具有不得违法排污的义务，如果违法排污要受到处罚承担责任。
违法排污行为的情形包括超标、超总量、设暗管等逃避监管方法等违法排污，以及违反许可证、环境影响评价、试生产、“三同时”制度违法排污等多种情形，可以说“违法排污”是个概括性规定。超标、超总量排污和设暗管等逃避监管方法排污，也属于违法排污，前面已经专门详述了，在这里就不在赘述。
违法直接对应的是惩罚和改正，所以违法排污行为应该受到罚款，同时也应责令改正或限期改正违法行为。违法情节比较严重也可能拘留相关人员，如果严重到一定程度也可能构成犯罪。
如果处以罚款，责令改正违法行为，拒不改正的可以处以按日连续罚款。如果建设项目未依法进行环境影响评价，被责令停止建设，拒不执行的；或者未取得排污许可证排放污染物，被责令停止排污，拒不执行的，并移交公安机关对直接负责的主管人员和直接责任人员给予拘留。
违法情节严重的还构成犯罪，根据“两高”司法解释包括以下情形：在饮用水水源一级保护区、自然保护区核心区排放、倾倒、处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质的；非法排放、倾倒、处置危险废物3吨以上的；两年内曾因违反国家规定，排放、倾倒、处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质受过两次以上行政处罚，又实施前列行为的。
用水水源一级保护区、自然保护区核心区关系着广大多数人的饮用水安全和生态环境保护，必须重点保护，如果排放、倾倒、处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质，可能造成无法挽回的生命、生态和经济损失。排放、倾倒、处置危险废物3吨以上可能会造成很大的环境安全危险。这两种情形违法情节严重应该处以刑罚，第三种属于“屡教不改”，是蔑视国家法律，视生态环境安全于不顾，也构成犯罪，应该予以刑事处罚。
