新《环境保护法》第44条规定，企业事业单位在执行国家和地方污染物排放标准的同时，应当遵守分解落实到本单位的重点污染物排放总量控制指标。
新《环境保护法》第60条规定，企业事业单位和其他生产经营者超过污染物排放标准或者超过重点污染物排放总量控制指标排放污染物的，县级以上人民政府环境保护主管部门可以责令其采取限制生产、停产整治等措施；情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业、关闭。
国家制定排放标准是从污染物排放浓度上控制排放，制定排放总量是从一定时期排放的量上控制排放，从而实现防治污染的目的。如果超标准超总量排放，首先应该从量上约束、治理排放，也就是责令采取限产、停产整治。为了让其改正，同时责令改正或限期改正违法行为；为惩罚违法行为，还要对超标超总量排放行为实施处罚，如罚款；情节严重的，可能构成犯罪，直至责令停业、关闭。
根据环境保护部颁发的《环境保护主管部门实施限制生产、停产整治办法》第5条规定，排污者超过污染物排放标准或者超过重点污染物日最高允许排放总量控制指标的，都可以责令其采取限制生产措施。《办法》第6条规定排污者有下列情形之一的，环境保护主管部门可以责令其采取停产整治措施：
(一)通过暗管、渗井、渗坑、灌注或者篡改、伪造监测数据，或者不正常运行防治污染设施等逃避监管的方式排放污染物，超过污染物排放标准的；
(二)非法排放含重金属、持久性有机污染物等严重危害环境、损害人体健康的污染物超过污染物排放标准3倍以上的；
(三)超过重点污染物排放总量年度控制指标排放污染物的；
(四)被责令限制生产后仍然超过污染物排放标准排放污染物的；
(五)因突发事件造成污染物排放超过排放标准或者重点污染物排放总量控制指标的；
(六)法律、法规规定的其他情形。
这几种都是比较严重的超标超总量排放，第一种是主观故意实施恶性大，第二种是排放污染物危害大且超标倍数高，第三种是超年度总量，第四种是拒不改正，第五种是因为突发事件属于危机情况造成超标或超总量排放，第六种属于兜底条款，以后法律、法规可以规定新的情形。
如果已经造成或者可能造成严重污染，还可以对造成污染排放的设施、设备实施查封、扣押，以暂时控制污染发生或扩大。
对此类违行为，环保部门会同时给予罚款处罚，如果责令改正或限期改正违法行为据不改正的，还可以予以按日连续处罚。
如果排放含重金属、持久性有机污染物等严重危害环境、损害人体健康的，污染物超过国家污染物排放标准或者省、自治区、直辖市人民政府根据法律授权制定的污染物排放标准3倍以上的，已经构成犯罪，实行“双罚制”，同时判处企业与直接负责主管人员和直接责任人员刑罚。企业需要注意，这种情形属于“行为犯”，只要有这种行为，不需要有污染损害后果，就构成污染环境罪。并且应同时责令停产整治，处罚很严厉。
如果两年内因排放含重金属、持久性有机污染物等有毒物质超过污染物排放标准受过两次以上行政处罚，又实施前列行为的；被责令停产整治后拒不停产或者擅自恢复生产的，或者停产整治决定解除后，跟踪检查发现又实施这一违法行为的，环保部门报经政府责令停业、关闭。
