小规模纳税人一般经营规模小，从业人员特别是财务人员素质较低，成份复杂，法制观点淡漠和强烈的私有属性反映在税收上，存在着不同程度的偷税与反偷税斗争。他们为了赚钱，投机倒把，以次充好，隐瞒营业额，花样百出，强调文化低故意不建账或不健全。一旦查出问题，不是消极抵赖，就是蛮横对抗。因此，对小规模企业特别是个体工商业户，应重视检查，做到证据确凿，数据可靠，处理有力。
小规模纳税人增值税的计算比较简单，即依据销售额乘以征收率而得。征收率的差错极易发现，难点或关键在于如何查核销售额，防止纳税人瞒报少报销售额而偷税。小规模纳税人因账证不全，财务核算水平低，因此，税务检查主要应以账外检查为主。
加强发票检查
发票是财务收支的法定凭证，也是税务检查的重要依据。对小型业户的发票检查至关重要。
一般情况下，对进货发票主要从三个方面检查：一查以假乱真。增值税专用发票全国统一，比较好鉴别。普通发票格式不完全统一，正可以假乱真偷逃国税。二是查以低瞒高。不少小规模纳税人以进核销，采取进货报验登记，按一定的毛利率推算销售额。因此，不少个体户中普遍存在进货购销双方都有意使用票面金额低于实际成交额，少缴税。对此，税务机关应收集商品价格资料分类汇集，供审核进货时参考。三是查以多报少。即不少个体户在进货报验时，以多报少瞒报进货数量。
对销货发票，主要可以从以下四个方面进行检查：一是查大头小尾。大头小尾，以存根联报税。对这种偷税行为必须取得发票联与存根联核对才能证实，工作量大，但遇到重点户，只能用此方法。二是查相互借用发票或代开发票。三是查发票的专业倒卖。四是查张冠李戴，开具假发票。
利用部门资料
不少小规模纳税人无账可查，但有些部门规定必须使用的资料却可以为我们提供核实纳税营业额的根据。如：工商行政管理局收取市场管理费的收费单据、旅馆业、接待旅客填写的“旅客登记本”等。
查对银行账户
按照《税收征管法》第十七条规定：从事生产、经营的纳税人应当按照国家有关规定，持税务登记证件，在银行或者其他金融机构开立基本存款账户和其他存款账户，并将其全部账号向税务机关报告。银行和其他金融机构应当在从事生产、经营的纳税人的账户中登录税务登记证件号码，并在税务登记证件中登录从事生产、经营的纳税人的账户账号。
《税收征管法》实施细则第十七条规定：从事生产、经营的纳税人应当自开立基本存款账户或者其他存款账户之日起15日内，向主管税务机关书面报告其全部账号;发生变化的，应当自变化之日起15日内，向主管税务机关书面报告。
纳税人为了逃避现金管理和便于偷逃国税，往往多数采用现金交易，不通过银行。但是大宗的对公、对单位的业务，不通过银行无法进行结算，因此，如何检查银行账户结算及往来结算进行偷税，这成了当前一个新的特殊问题。当前重点应重视：
1.查多头开户。有的业户利用各商业银行业务竞争的机会，分别在几个银行开户，部分银行业务隐瞒不报。检查时，应注意有关银行往来结算的银行回执及进账单等查明真相。
2.查借用账户。有的纳税人自己有账号，但大宗业务却利用关系通过其他单位的账户收支进行偷税。例如，某玻璃店业务上平时与一些单位并不联系。在检查中，发现该店承接本地某公司宿舍楼玻璃安装工程早已结束，既未见开出发票又见不到货款入账。以此为线索到某公司财务科调查，查证到：发票是某镇企业开的，货款是汇该乡镇企业。原来，该纳税人凡承接住宅楼、工厂厂房的大宗玻璃安装，都利用乡镇企业的账户，通过应收应付进行结账。经逐笔查对，共查获隐瞒玻璃销售额及加工收入金额80000余元。
3.查转让账户。有些企业停业后向工商机关注销营业执照、向税务部门注销税务登记证后，不向银行注销账号，以此为资本，出租账户，从中牟利。
测算保本营业额
按小型业主自己的说法，“小本经营”只能“吃补药”，不能“吃泻药”，即只能赚钱，不能亏本。既然如此，测算小型业主保本营业额就成为税务检查的又一重要方法。
