农业税征收机关与其相关单位和个人在一定时期收、存、缴、解、退还农业税款项的结账和清算。它包括以下几个方面：
(1)与纳税人结算。纳税人缴纳税款后，征收机关应给其开具农业税收据，作为完税凭证;纳税人缴纳实物的，应有接收单位开具实物收据，纳税人凭此向征收机关换取农业税正式收据;纳税人直接向征收机关缴纳税款的，由征收机关当即开具农业税完税证，缴纳税人作完税凭证;纳税人超缴农业税的，征收机关应将超缴税款退还纳税人;纳税人欠缴农业税的，征收机关要限期缴清。在与纳税人进行完税结算时，征收机关要填写农业税结算清单，作为结算凭证。
(2)与接收单位结算。接收单位收到农业税征收的粮食或其他农产品后，应及时结算，将税款划转征收机关。其中，采取实物缴纳以折合主粮结算的，应根据征收的粮食或其他农产品折合主粮的数额，统一按照主粮计税价格计算农业税款，并划转征收机关;代征单位收到农业税税款，应及时如数缴征收机关。
(3)与征收员结算。征收员收到的税款，原则上应及时缴征收机关征解会计上解。如遇特殊原因难以赶回机关结算的，可暂将税款就近存入银行或信用社，然后按规定时间，带汇款凭证回征收机关结算。
(4)上下级征收机关之间结算。指县级与乡级征收机关之间的结算，包括票款结算、退库结算、征收任务结算。
