对于国家税务机关而言，开展管理审计可以有效促进规范执法行为和加强税收征管，有着较强的现实意义。但当前国家税务机关在管理审计工作中存在着诸多限制因素，影响了管理效能的有效发挥。
一、 当前国家税务机关开展管理审计存在的主要问题
1、对管理审计的必要性存在认识误区。很多同志包括部分领导者仍停留在传统的内部审计层面，即主要是查错防弊，面向过去的财务审计;多数国家税务机关内部审计职能多由财务部门担当，也反映了当前对审计定位的认识;多数单位基本没有开展管理审计，有的单位即使开展了类似工作，也基本没有归入管理审计的范畴，并按照管理审计的程序和方法组织相关审计活动。同时，部分单位认为对管理审计的职能，即对被审计单位的管理活动进行检查审计，应当是各职能管理部门已具备或应具备的职责，并不需要附加的管理审计来推动。
2、对管理审计与其他管理活动的关系尚未理顺。应当说，这些管理活动在管理职能、管理理念和运行程序、方法等方面与管理审计有着一定的共通之处。由于任何管理体系都有各自的运行规则，对管理对象有着一定的文书制作和遵从要求，因此，开展管理审计工作，必须有效解决包括管理审计在内的多套管理体系的整合问题。
3、对管理审计的管理理念和职能定位缺乏科学认识。这表现在审计实践中，主要还是对各种管理活动查错防弊、面向过去的合规性检查或者结果式的评价为主，而没有从传统的“查错防弊”转向为内部管理服务，并逐步从内部检查和监督向内部分析和评价方面转变，特别是通过发现问题有针对性地提出改进措施、意见，这一重要职能没有得到有效发挥，也在一定程度上影响着对管理审计的认识。
二、搞好管理审计工作的几点建议
1、突出对组织内部控制的支持作用，确立管理审计的不可替代地位。与组织的其他部门相比，内部管理审计更能从组织的全局角度，更清醒地识别和评估风险，提出防范风险的有效建议;与外部审计相比，它更能从组织的利益和实际出发，更积极主动地识别和评估风险，提出防范风险的有效建议。内部管理审计还具有经常性、及时性和综合性。它要对组织所有经济业务进行审查、评价，因而它能对组织面临的风险进行全面的分析、评估。因此，内部审计在风险管理方面具有独特的优势。同时，大力开展审计调查，对组织中存在的带倾向性、普遍性的问题，特别是组织所面临的财务和经营风险，进行经常性的调查、分析、评估和预测，弄清问题产生的原因或未来的发展方向，能够向组织的高层管理者提出解决或防范问题再次发生的建议，或随时接受他们的咨询，以帮助组织改善风险管理，增加组织的价值。[page]
2、科学实现多套管理体系的整合，提高管理审计的运行效率和质量。一是运用质量管理理念，定义管理审计的理论基础。质量管理对发展管理审计的启示主要在于管理审计的着眼点不在于发现问题缺陷，而是通过问题缺陷的存在反馈管理流程(风险控制)对于问题(风险)的控制和防范能力，在对问题缺陷责任追究的同时，更注重的是流程的改进和控制的完善。二是运用管理审计理论，完善质量管理的检查考核方法。管理审计理论介入质量管理，主要是按照风险评价程序对决策质量、业务指导水平和日常监控实效进行的综合绩效测评。其评价对象是质量控制点、关键质量指标的薄弱环节和重大问题易发生区域的防范、控制水平和能力。三是运用预警管理工具，有效开展管理审计风险评价。预警管理是通过对各项工作目标预测问题发生的区域，对预测问题区域的要件、范围和标准等问题进行归纳提取，并以问题特征样本模式对目标运行中各项要素进行状态识别或动态监控，对当前状态或动态变化符合问题特征样本模式的数据信息即刻发出预警，从而实现对各项目标完成过程关键质量指标的全程适时监控，真正体现绩效审计对工作过程与结果并重的管理特点和管理功效。
3、注重实效性,提高管理审计工作的水平。管理审计工作的实效性是指管理审计发挥职能作用的程度和取得的实际效果。主要包括:审计报告的质量、审计工作的效率、查处问题的充分性和层次性、审计的广度和深度，以及审计建议、审计决定被企业采纳和实施的程度和效果。提高审计的实效性途径主要包括: (1)坚持量力而行,突出重点的审计工作方针。从工作实际、内审自身力量、队伍素质结构出发,选择当前税收执法和征收管理过程中迫切需要解决的重点问题作为突破口，调整力量，加大审计力度，为领导正确决策提供依据。(2)改进审计方法，规范审计程序。做到手工和账表审计与计算机和信息网络审计相结合;监督评价并重,寓服务于监督之中，使内部审计有更广阔的生存空间。要注重总结、提炼、利用审计成果,服务宏观调控;积极参与税收执法和征管活动，对税收征管改革中出现的新情况、新问题和经济活动中发生的带普遍性、倾向性的问题进行综合分析，提出有针对性的改进意见和措施。(3)坚持客观公正,严格处理处罚。严格的处理、处罚是一种有效的教育和强化管理的手段。有利于遏制违规乱纪，维护企业的经济利益;有利于提高审计的威慑作用，净化经济环境，从源头上切断滋生违法违纪的经济基础;有利于约束管钱、管物人员的经济行为，促进廉政建设。因此，在审计违法违纪问题的过程中，要严格按照审计程序办事，做到事实清楚、定性准确、处理适当和评价适度[page]
