(一)设立目的不同
司法鉴定的目的是为了解决诉讼涉及的专门性问题，帮助查明和认定案件事实。对于诉讼涉及的专门性问题，需要进行鉴定的，应当依法进行鉴定。确定专家辅助人制度的原因主要是保证当事人双方的诉讼均衡，加强当事人诉讼对抗，也有助于帮助法官公正裁判。由此可以看出，如果说专家辅助人是当事人的助手，那么鉴定人就是法官的助手，双方都有一个共同的功能就是维护司法公正。
(二)资格的要求不同
我国民事诉讼中的鉴定人是指鉴定机构人员，对鉴定人的从业资格往往做出明确的规定。我国的司法鉴定人登记管理办法对司法鉴定人资格的规定如下：具有相关高级专业技术职称;或者具有相关的行业执业资格或者高等院校相关专业本科以上学历，从事相关工作五年以上;申请从事经验鉴定型或技能鉴定型司法鉴定业务的，应当具备相关专业工作十年以上经历和较强的专业技能等。而对于专家辅助人的要求一般只是抽象地规定其在一定领域内在知识、经验、技能、训练等方面具有优于常人的能力。较高的从业门槛也决定了鉴定人的范围要远远小于专家辅助人的范围。
(三)参与诉讼的方式不同
根据我国《民事诉讼证据规定》第26条及第28条的相关规定，可以认为鉴定人进入民事诉讼主要是采用三种方法，当事人申请并由双方当事人协商确定鉴定人选后法院委托、当事人自行委托及必要时候法院依职权委托。而专家辅助人则主要是当事人申请，法院不能职权追加。
(四)诉讼地位不同
从鉴定人参与诉讼的方式可以看出，在诉讼过程中，鉴定人处于中立地位，是法官的助手，并且适用回避制度。其目的是为了帮助法官了解案件事实，公正司法裁判。因此，在实践中法官一般不会轻易的否定鉴定意见。专家辅助人是由当事人申请出庭，其出庭费用是由申请方当事人承担，而不是由败诉方承担。这就意味着专家辅助人是为申请方服务的，其地位并非中立，而是有较强的偏向性，也因此其不适用回避制度。由此也能看出其与鉴定人制度的设立初衷，制度架构上有较大区别。
(五)举证、质证的不同
1、举证。在举证方面，鉴定人意见是法定证据中的一种，其适用关于证据的一切规定。关于证据，应当进行举证。对于鉴定意见而言，仅提供鉴定报告进行举证时不满足证据法的要求的，其须通过鉴定人的出庭来进行。而对于专家辅助人的言论，其本身并不是证据，无需举证，且通常为口头形式出现。
2、质证。大陆法系国家也规定了鉴定人必须出庭进行质证，但在大陆法系国家，对鉴定意见的质证是由法官作为主导的，当事人参与其中。因此，当事人对鉴定结论进行质证是在法官的指挥下进行的，并且法官在质证的过程中可以直接询问鉴定人。专家辅助人也是出庭质证。在庭审中，当事人申请聘用专家辅助人，一方面专家辅助人可以经法官允许而对鉴定人进行发问;另一方面，也可以对自己当事人或律师对鉴定人的询问给予一些提议。
维林说：“获得真相的最好方法是让各方能够证实真相的各种事实，然后双方展示他们所获得的所有材料，两个带有偏见的寻找者从田地的两端开始寻找，他们漏掉的东西要比一个无私的寻找者从地中间开始寻找所要漏掉的东西要少得多。”这个观点告诉我们，法官不可孤立判断，尤其是针对一些专门性问题时，在法官自身缺乏相关知识的情况下，如果偏听偏信则极易造成司法不公。鉴定人与专家辅助人的出现就是为了帮助法官和当事人解决专门性问题，促使法官多角度分析，多层面考虑，从而得出合理判断。由此可见，鉴定人与专家辅助人在一定程度上具有不可忽视的共性。
司法鉴定人是指运用自己的专业技术对诉讼中事实问题进行鉴别和判断并提出鉴定意见的人员。在我国，一般认为《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第61条提出了：“当事人可以向人民法院申请一至二名具有专门知识的人员出庭就案件的专门性问题进行说明。人民法院准许其申请的有关费用由提出申请的当事人负担。审判人员和当事人可以对出庭的具有专门知识的人员进行询问。经人民法院准许，可以由当事人各自申请的具有专门知识的人员就有关案件中的问题进行对质。具有专门知识的人员可以对鉴定人进行询问。”这一规定第一次提出了专家辅助人的概念，即具有专门知识的人。
鉴定人制度是我国民事诉讼中非常重要的制度，尽管其与专家辅助人制度的出发点都是为了解决诉讼中的专业性问题，但两者还是表现出了较为明确的区别。
二者都是具有一定专业知识的人，只是程度的不同，标准的不同，但都优于常人。其次，二者针对的都是专门性问题，都是对专门性问题所做的陈述和判断，带有较强的专业性和主观判断色彩。最后，二者都是为了帮助查明案件事实，协助法官客观分析，公正判断，提高司法效率，维护司法公正。
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