对非法移民的犯罪行为适用刑事法要本着国家主权原则。因为非法入境，首先侵犯了本国的国家主权以及国家安全;其次，至少破坏了出境国和入境国两个国家的国境管理或移民制度。同时，现今非法移民的一大特点是依靠跨国偷运移民的国际犯罪组织实现非法移民他国的目的，而打击跨国犯罪行为，在调查取证、引渡以及相关判决的执行等方面都必须尊重国家主权原则，否则就有可能成为国际与地区的不安宁隐患。在我国制定反非法移民刑事司法对策时，还必须注意对偷渡者的基本人权予以保障。人的尊严、人身安全、人身自由是最基本的权利。但是非法移民的这些基本权利非常容易受到侵害。美国的反恐怖法就明确规定，对于涉嫌偷渡活动的外国人，如果由于某种原因而无法驱逐出境，即使未经指控与审判也可以无限期拘留。我国必须注意避免出现这种问题。同时，当今世界的非法移民已经不再是移民者的个人违法行为了，也已经不再限于一个国家，非法移民的犯罪已经演变成为跨国有组织犯罪中的一种。因此打击非法移民犯罪已经不是某一个国家的内部事务，而是整个国际社会都应该承担的责任和义务。我国在反非法移民的司法和实践中也应当体现这一国际义务。
具体而言，我国反入境非法移民的举措应当抓住两个重点，一个是预防，对于非法移民的违法犯罪行为应当以预防为主，主要表现为严格出入境管理。另一方面重在打击“蛇头”，即非法移民的组织者或运送者。
由于处理非法移民的违法犯罪案件牵涉到当事方各国和地区的法律法规，对非法移民的身份鉴定尤为困难，处理此类案件耗资巨大。因此，如果能从源头上堵住非法入境的漏洞，将事半功倍。我国边防管理和出入境管理力量不足、设施陈旧，使得非法移民屡禁不止。世界各国无不在边境地区和开放口岸加强管理和查验，以减少偷渡行为的发生。比如美国的高科技监测塔、欧盟的边境快速反应部队、阿联酋的虹膜识别技术以及香港在查验集装箱偷渡时使用的二氧化碳探测器，此外还有心跳探测器、射频识别标签、文检仪等。实践表明，情报战略也是防堵非法移民的一项行之有效的措施。加强情报信息工作，加强我国与非法移民主要来源国以及国内非法移民案件多发地公安机关之间的信息交流与合作，全面开展对有关非法入境和居留人员的专项调查，掌握各种偷运移民犯罪组织活动的手段、规律，并针对特定对象或犯罪组织进行长期侦控，防患于未然。
在司法实践中，应当鼓励受害的非法移民检举“蛇头”。各国打击重点是非法移民的组织者或运送者，具体举措还可表现为鼓励受害的非法移民检举“蛇头”及其成员，可达到瓦解犯罪组织，追查出幕后主谋及其从犯之目的。同时，可以考虑制定相关法规，提供优厚奖金检举“蛇头”。另外，西方国家高度重视刑事侦查职能在移民管理中的体现，且自上而下刑事侦查权力配置到位，打击犯罪有力。我国目前尚不具备建立一支专门从事非法移民犯罪案件刑事侦查的办案机构的条件，但在侦查中应当使用高科技手段，提高侦查办案能力和取证水平，提高防范和侦查的效率，进一步加强对非法移民犯罪特别是“蛇头”的打击力度。
我国刑事司法部门已经积累了丰富的打击非法出境犯罪的经验，如何将其迅速运用于非法入境犯罪，是目前实务部门工作的当务之急。与此同时，还要加快与世界各国，特别是与主要非法移民输出国签署合作协议，积极寻求在打击偷运移民方面的国际伙伴。在双边条约的签署中，要尽量确立联合侦查、诉讼转移、简易引渡等合作程度较高的国际手段，使合作更为快捷有效，操作性强。在侦查协作方面，我国公安机关与美国、日本以及欧盟国家等国的警察机关开展合作。从这些国际合作的成功范例来看，我国反移民犯罪的国际侦查合作对策主要有控制下“通关”、互通情报信息、引渡“蛇头”等。
