我国目前在认定行政诉讼被告资格时采用的是行政主体、行为主体和责任主体合一的标准，其理论依据是“立法授权说”与“独立财产说”。然而，这两大学说都存在重大缺陷：前者混淆了程序与实体、事实问题与法律问题等的关系;后者反映的是民事法人制度的特点，没有反映行政诉讼的要求。
根据我国行政法学界的通说，我国在认定行政诉讼被告的资格时采用的是三主体合一的标准：
(1)行政诉讼的主体必须是行政主体，即行为人必须具备行政主体的身份和地位才能成为行政诉讼的被告;否则，即便它作出了一个行为，也不能成为行政诉讼的被告。
(2)行政诉讼的主体必须是行为主体，即行为人必须有作为或者怠于履行职责的不作为行为;否则，它也不能成为被告。
(3)行政诉讼的主体必须是责任主体，即行为人必须有责任能力，能够以自己的名义对外承担责任;否则，它也不能成为合格的被告。
上述标准不仅为我国法学理论界所采用，而且也被我国司法实务部门所遵循。人民法院在审查行政诉讼被告资格的时候所使用的就是三主体合一的标准。按照这一标准，实施行为的主体(不包括自然人)，未必就是一个合格的被告;而没有实施行为的主体，未必就不是一个被告。
对照上述行政诉讼被告资格认定标准的法学理论与司法实践，看似简单的行政诉讼被告资格认定标准问题，突然间就变成了一个比较复杂的问题。因为只要不是政府或者政府常设职能部门作出的行政行为，都有可能面临行政诉讼被告资格是否适格的疑问。
具体来看，主要存在以下几方面的问题：
(1)行政机关纵向之间与横向之间委托执法的被告资格认定问题，其中还分为被委托者本身就有被委托的职责与权限和其本身没有被委托的职责与权限两种情形。
(2)派出机构、分支机构的被告资格认定问题。
(3)行政主体设置的内部机构的被告资格认定问题。行政主体设置的内部机构的情形非常复杂，其依据、来源、公章、编制、人员、经费等都各不相同，因而使得对这类机构被告资格的认定变得更加困难。
(4)授权与委托主体的被告资格认定问题。
(5)行政机关在职能调整和机构改革过程中因职权转移而引起的被告资格认定问题。对于这种情形，法律从来就没有规定过，司法解释也未涉及，但实践中确实存在。
为什么会出现上述问题呢?究其原因主要还是我国行政诉讼被告资格认定标准存在问题。因为按照上述认定标准，行政主体是认定行政诉讼被告资格的基础，而行政主体理论主要是从民事主体理论中照搬过来的，带有非常浓厚的民事主体特征，因此，财产因素又成为认定行政诉讼被告资格的根本因素。另外，立法授权被认为是行为人获得行政主体资格的根据，而此根据又继续成为认定行政诉讼被告资格的标准。总之，最终是两大因素——财产因素和立法因素——在决定被告是否适格。
