(一)罪与非罪的界限
1、本罪与错告的界限本条第3款规定：“不是有意诬陷，而是错告，或者检举失实的，不适用前款规定。”所谓错告，是指错误地指控他人有犯罪事实的告发行为。所谓检举失实，是指揭发他人罪行，但揭发的事实与实际情况完全不符或部分不符的行为。我国宪法规定：“中华人民共和国公民对于任何国家机关和国家工作人员的违法失职行为，有向有关国家机关提出申诉、控告或者检举的权利，但是不得捏造或者歪曲事实进行诬告陷害。”这就把诬告与错告在性质上清楚地区别开来了。诬告与错告，在主观方面有着质的不同：前者是故意捏造事实，作虚假告发，属于犯罪行为;后者则是由于情况不明，或者认识片面而在控告、检举中发生差错。由此可见，是否具有诬陷的故意，是区分诬告与错告的最基本的标志。
2、本罪与一般诬告陷害行为的界限两者都具有捏造事实、诬陷好人的特征。但是，诬陷的内容、目的和性质，又各不相同：诬告陷害罪是捏造事实，意图使他人受刑事处罚，而一般诬陷行为仅限于捏造犯错误的事实，其目的只是使他人受到某种行政纪律处分，因此，从性质上讲一个是犯罪，一个是违法。对一般诬陷行为，可根据不同情节和后果，分别给予行政处罚、纪律处分或者批评教育。
(二)本罪与诽谤罪的界限
二者的共同点表现在都是捏造事实，而且诽谤罪也可能捏造犯罪事实。它们的主要区别是;
1、客体要件不同：前者侵犯的是公民的人身权利;后者侵犯的是公民的名誉。
2、主观方面不同：前者的目的是使他人受刑事追究;后者的目的是破坏他人名誉。
3、客观行为不同：前者是捏造他人犯罪的事实，通常向国家机关或有关单位告发;后者是捏造有损他人名誉的事实，散布于第三者或更多的人，但不向国家机关或有关单位告发。如果行为人虽然捏造他人犯罪的事实，但并不告发，而是私下散布，旨在损害他人名誉，就构成诽谤罪。
(三)本罪与报复陷害罪的界限
二者都表现为陷害他人，主要区别是：
1、客体要件不同：前者侵犯的是公民的人身权利;后者侵犯的是公民的民主权利。
2、对象不同：前者的对象是一切公民;后者的对象是控告人、申诉人、批评人与举报人。
3、主体不同：前者是一般主体;后者是国家机关工作人员。
4、行为表现不同：前者表现为捏造犯罪事实，作虚假告发;后者表现为滥用职权、假公济私，进行报复陷害。
[page]5、目的不同：前者是意图使他人受刑事追究;后者是一般报复的目的。国家机关工作人员为了报复陷害控告人、申诉人、批评人，利用职权、捏造犯罪事实，并向有关机关告发的，完全符合诬告陷害罪的特征，应定诬告陷害罪，不定报复陷害罪。
