根据《行政许可法》第五条的规定，行政许可的实施和结果应当公开，但是涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的内容除外。因此，一般情况下，行政许可决定应当予以公开，供公众查阅，但遇有下列情形，不得公开。
1.国家秘密
根据我国保密法的规定，国家秘密是关系国家的安全和利益，依照法定程序确定，在一定时间内只限一定范围的人员知悉的事项。国家秘密包括下列秘密事项：(一)国家事务的重大决策中的秘密事项;(二)国防建设和武装力量活动中的秘密事项;(三)外交和外事活动中的秘密事项以及对外承担保密义务的事项;(四)国民经济和社会发展中的秘密事项;(五)科学技术中的秘密事项;(六)维护国家安全活动和追查刑事犯罪中的秘密事项;(七)其他经国家保密工作部门确定应当保守的国家秘密事项。由于国家秘密涉及国家的安全和国家利益，因此，行政许可决定涉及国家秘密的，不能予以公开。
2.商业秘密
关于商业秘密，目前国际上还没有统一的定义。美国的学者认为，商业秘密是指在营业中使用的、能使该秘密的所有人在同行竞争中占据优势的东西，它可以是一个配方、一项公式、一种模式或者是推销产品的计划等。我国的反不正当竞争法规定：“本条所称的商业秘密，是指不为公众所知悉，能为权利人带来经济利益、具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。”商业秘密通常表现为新技术、新方法、新工艺、新材料、新配方、新流程以及情报、经验、技巧、规程、报表、名单、计划和数据等。商业秘密必须具有经济价值，即能够为权利人带来实际的或潜在的经济利益和竞争优势。这是商业秘密与政治秘密、个人隐私等其他秘密的最为显著的区别。对商业秘密的保护，对权利人而言，维持了商业秘密的秘密状态，直接目的就是谋求经济上的利益。国家对商业秘密的保护，其目的是为了维护权利人的经济利益和社会的经济秩序。对于商业秘密的保护，各国主要是以合同法、侵权行为法，反不正当竞争法和刑法的有关规定予以保护。行政法在强调行政公开和公民知情权的原则下，也需要对行政许可相关方商业秘密的保护。
3.个人隐私
隐私是指公民个人生活中不愿为他人公开或知悉的秘密。隐私权是自然人享有的对其个人的、与公共利益无关的个人信息、私人活动和私有领域进行支配的一种人格权。
行政公开是行政机关的义务，原则上行政机关将其掌握的文件资料向公众公开，但由于行政机关掌握大量个人隐私和商业秘密，行政公开很有可能侵犯公民的隐私权，因此，有必要在规定行政公开的同时，规定对公民隐私权的保护。例如，有的国家规定，公民隐私权具体体现为以下权利：(1)了解和取得个人记录的权利。公民个人有权知道行政机关是否存有关于他的记录以及记录所记载的内容，并要求得到复制品。(2)要求修改记录的权利。个人认为关于自己的记录不正确、不完全或不及时的，可以请求行政机关修改。(3)同意权。除了法律规定的免除情形外，行政机关公开个人的记录，必须取得个人的书面同意，否则不能公开。
在某些情况下，商业秘密、个人隐私和知情权会发生冲突。一方面，公众希望知道更多的有关行政管理的情况，并对有关信息加以利用;另一方面，每个个人又不希望自己以及与自己有关的情况被他人过分关注，以维护自己的隐私权。要协调隐私权和知情权的关系，就要将隐私权与知情权的权利范围予以明确界定。但我国的法律目前尚未对隐私权作出明确规定。在将行政许可决定公开时，行政机关必须在权衡因公共利益而决定公开与保护个人隐私之间的关系。第一，行政机关收集的申请人的有关情况，应当是行政机关作出行政许可决定所必须的，行政机关不得要求申请人提交与行政许可事项无关的材料。第二，行政机关将行政许可决定公开，涉及申请人的有关情况，应当经申请人同意。第三，在我国目前情况下，行政机关在行政许可决定公开的问题上，对于个人隐私、商业秘密的认定不宜过宽，尤其是对于本身具有公示的作用行政许可更是如此。如企业法人登记，其功能一是为企业赋予法人资格，允许其从事经营活动。登记的另一个很重要的功能是对企业的营业状态予以公示，保护交易安全。如果过多将企业的有关情况认定为商业秘密，登记的公示作用就无法发挥。
