行政许可程序是规范行政许可行为，防止滥用权力、保证正确行使权力的重要环节，需要作出具体规定。
按照效能与便民的原则，《行政许可法》总结成功实践经验，借鉴国外通行做法，从行政机关和老百姓两个方面对实施行政许可的一般程序作了规定：（1）省级人民政府经国务院批准，可以将几个行政机关行使的行政许可权相对集中（第三十四条）。（2）一个行政机关实施行政许可涉及机关内部几道环节的，应当“一个窗口”对外（第三十五条）。（3）依法需要几个部门几道许可的，可以由一个部门牵头征求其他有关部门意见后统一办理，或者实行联合办理、集中办理，尽量减少“多头审批”（第三十六条）。（4）行政机关应当将有关行政许可事项的规定在办公场所公示，以防止“暗箱操作”（第三十八条）。（5）作出行政许可决定前，行政机关应当听取意见；不予行政许可的，要说明理由（第四十六条、第四十八条）。
为了方便老百姓，草案总结实践经验，规定：行政许可申请可以通过邮寄、传真等书面方式提出，也可以委托代理人提出，不必都亲自到行政机关去办（第三十九条）；行政许可决定尽量做到当场受理、当场决定，不能当场决定的，要出具受理凭证，并且原则上应当在30日内作出决定（第四十九条）。
《行政许可法》还针对各类行政许可的特点规定了不同的特别程序，主要是：（1）普通许可事项，行政机关对申请人申请材料的实体内容要进行审查，有的还需要实地核查；申请人的申请符合法定条件的，行政机关应当予以行政许可（第四十四条、第四十七条）。（2）特许事项，行政机关应当通过招标、拍卖等公平竞争的方式决定是否予以特许（第五十八条）。（3）认可事项，行政机关一般应当通过考试、考核方式决定是否予以认可（第六十二条、第六十四条）。（4）核准事项，行政机关一般要实地检测、验收（第六十七条）。（5）登记事项，行政机关一般对申请登记材料只进行形式审查，申请人对申请材料的真实性负责（第七十条、第七十一条）。
