专利行政复议的主体，指提出专利行政复议申请的人以及被申请人。
可以将提出专利行政复议申请的人分成两类。第一类申请人是指不服国家知识产权局做出的具体行政行为，提出复议申请的人。《行政复议规程》第2条规定：公民、法人和其他组织，认为国家知识产权局的具体行政行为侵犯其合法权益的，可以依照本规程向国家知识产权局申请复议。
第二类申请人是指不服管理专利工作的部门做出的具体行政行为，提出复议申请的人。第二类申请人包括专利权人，利害关系人、被控侵权人，以及假冒、冒充专利行为人等。所称利害关系人包括专利实施许可合同的被许可人、专利权的合法继承人。专利实施许可合同的被许可人中，独占实施许可合同的被许可人可以单独提出请求;排他实施许可合同的被许可人在专利权人不请求的情况下，可以单独提出请求;除合同另有约定外，普通实施许可合同的被许可人不能单独提出请求。在专利侵权纠纷中，若专利权人或者利害关系人提起行政复议的，被控侵权人应为第三人。反之亦然。无论是第一类专利行政复议，还是第二类专利行政复议，被申请人均是做出具体行政行为的行政机关。具体而言，就是国家知识产权局或管理专利工作的部门。
专利行政复议的机构
专利行政复议的机构，也称专利行政复议的机构的主管机关。与专利行政复议的两类申请人一致，也存在专利行政复议的两类机构。第一类机构，《行政复议法》第14条规定：对国务院部门或者省、自治区、直辖市人民政府的具体行政行为不服的，向作出该具体行政行为的国务院部门或者省、自治区、直辖市人民政府申请行政复议。国家知识产权局属于国务院直属机构，性质上相当于国务院部门，因此，对其作出的具体行政行为，应由其本身进行复议。当然，尽管作出具体行政行为的机关与作出复议决定的机关同一，但内部的处理部门却可以不同。根据《行政复议规程》第3条：国家知识产权局法律事务处(以下简称“法律事务处”)负责行政复议的具体工作。第二类机构，根据《行政复议法》第12条的规定，对县级以上地方各级人民政府工作部门的具体行政行为不服的，由申请人选择，可以向该部门的本级人民政府申请行政复议，也可以向上一级主管部门申请行政复议。所以，此类行政复议，既可以向管理专利工作的部门所属的本级人民政府提出申请，也可以向上一级管理专利工作的部门提出申请。
