司法鉴定合法性原则是评断鉴定过程与结果是否合法和鉴定结论是否具备证据效力的前提，是指司法鉴定活动必须严格遵守国家法律、法规的规定。
这一原则在立法和鉴定过程中主要体现为：鉴定主体合法；鉴定材料合法；鉴定程序合法；鉴定步骤、方法、标准合法；鉴定结果合法五个方面。
1、司法鉴定机构必须是按法律、法规、部门规章规定，经过省级以上司法机关审批，取得司法鉴定实施权的法定鉴定机构，或按规定程序委托的特定鉴定机构。司法鉴定人必须是具备规定的条件，获得司法鉴定人职业资格的执业许可证的自然人。
2、司法鉴定材料主要是指鉴定对象及其作为被比较的样本(样品)。鉴定对象必须是法律规定的案件中的专门性问题，法律未作规定的专门性问题不能作为司法鉴定对象。如我国现阶段对司法心理测定(俗称测谎)、气味鉴别(警犬鉴定)等尚未作为法定鉴定对象，其鉴定结论不能作为证据。而且鉴定材料的来源(含提取、保存、运送、监督等)必须符合相关法律规定的要求。
3、鉴定程序合法性，包括司法鉴定的提请、决定与委托、受理、实施、补充鉴定、重新鉴定、专家共同鉴定等各个环节上必须符合诉讼法和其他相关法律法规和部门规章的规定。
4、鉴定的步骤、方法应当是经过法律确认的、有效的，鉴定标准要符合国家法定标准或部门(行业)标准。
5、鉴定结果的合法性，主要表现为司法鉴定文书的合法性。鉴定文书必须具备法律规定的文书格式和必备的各项内容，鉴定结论必须符合证据要求和法律规范。
