１、鉴定的性质不同
医疗鉴定属于行政鉴定；司法鉴定属于民事鉴定。
２、鉴定的目的不同
医疗鉴定是为医疗卫生行政部门处理医疗纠纷与医疗事故提供技术服务；司法鉴定是为医疗损害赔偿民事诉讼、医疗纠纷与事故行政处理引发的行政诉讼以及涉嫌“医疗事故罪”的刑事诉讼提供技术服务。
３、鉴定的决定权不同
医疗鉴定的决定权在于医疗卫生行政部门，依《条例》的规定，医疗纠纷双方当事人也可共同提请鉴定。司法鉴定的决定权在司法机关。
４、鉴定的委托方式不同
医疗鉴定的委托方式有二种：卫生行政部门转交；当事人双方共同委托。
司法鉴定包括两种方式：法院决定鉴定，由法院内的技术部门统一对外委托；申请鉴定，即由当事人向法院提出鉴定申请，法院同意后，双方当事人协商确定鉴定机构与鉴定人员，达不成一致的，由法院指定。
５、受理鉴定的权限不同
医疗鉴定只有卫生行政部门移交和当事人共同委托医学会两种方式。司法鉴定的权限却十分广泛，只要诉讼过程中需要鉴定，都可以采取司法鉴定的方式进行。
６、鉴定主体的范围不同
医疗鉴定只能由医学会组织医疗鉴定专家组进行。司法鉴定则可由司法机关交由法定的鉴定机构进行。
７、鉴定主体的责任方式不同
医疗鉴定由医学会出具鉴定书，专家组成员无须在鉴定书上签名盖章；司法鉴定的鉴定人需在鉴定书上签字或盖章，实行个人负责制。
８、司法鉴定文书与医疗鉴定书的区别司法鉴定文书由司法鉴定机构出具，有鉴定人的签名；医疗鉴定书由医学会出具，无鉴定人的签名；司法鉴定文书对争议焦点和鉴定结论的分析十分详尽；医疗鉴定书分析部分一般比较原则；司法鉴定为一次鉴定；医疗鉴定一般为两级鉴定。
１、司法鉴定机构必须是按法律、法规、部门规章规定，经过省级以上司法机关审批，取得司法鉴定实施权的法定鉴定机构，或按规定程序委托的特定鉴定机构。司法鉴定人必须是具备规定的条件，获得司法鉴定人职业资格的执业许可证的自然人。
２、司法鉴定材料主要是指鉴定对象及其作为被比较的样本（样品）。鉴定对象必须是法律规定的案件中的专门性问题，法律未作规定的专门性问题不能 作为司法鉴定对象。如我国现阶段对司法心理测定（俗称测谎）、气味鉴别（警犬鉴定）等尚未作为法定鉴定对象，其鉴定结论不能作为证据。而且鉴定材料的来源 （含提取、保存、运送、监督等）必须符合相关法律规定的要求。
３、鉴定程序合法性，包括司法鉴定的提请、决定与委托、受理、实施、补充鉴定、重新鉴定、专家共同鉴定等各个环节上必须符合诉讼法和其他相关法律法规和部门规章的规定。
４、鉴定的步骤、方法应当是经过法律确认的、有效的，鉴定标准要符合国家法定标准或部门（行业）标准。
５、鉴定结果的合法性，主要表现为司法鉴定文书的合法性。鉴定文书必须具备法律规定的文书格式和必备的各项内容，鉴定结论必须符合证据要求和法律规范。
构成医疗事故必须具备４个条件，即提供医疗服务的必须是合法的医疗机构及其医务人员；要有违法、过失行为；必须有严重、明显的不良后果；违法行为与不良后果之间必须有因果关系。申请医疗事故鉴定则有三种途径。一个是直接委托医学会进行鉴定，再有是向当地的卫生行政部门申请，由卫生行政部门把鉴定的申请移交到医学会。第三个是由人民法院来委托。
医疗事故鉴定分首次鉴定和再次鉴定。首次鉴定由医院所在辖区的各区县医学会来组织，如果医患任何一方，对首次鉴定的结论不服，可以在接到鉴定结论之日15天内，申请再次鉴定。再次鉴定是由市一级的医学会来组织。医疗事故技术鉴定是有时效限制的，患方在知道或者应当知道身体健康受到损害之日起一年内，可以提出医疗事故争议处理申请。一般一个鉴定周期需要60天左右的时间。
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