《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》中明确规定，在医疗损害责任纠纷诉讼中实行举证责任倒置。分为两种情形的举证责任，第一种是患方的初步举证责任，第二种是医疗机构对其不存在医疗过错承担举证责任。随下文来看看。
1.举证责任倒置的情形下患方应当承担初步举证责任
首先，患方必须就医患之间存在医患关系这一基本事实进行举证。患者要证明与医院存在医患关系的事实，门诊患者必须出具法定医疗机构的正式挂号条、完整的门诊病历（注：如病历有缺页，由患方承担举证责任）、化验检查单、CT、收费单据；住院患者须出具门诊病历、出院通知、出院账单等证据。
其次，患方还须证明确有损害后果的客观存在。这些损害后果包括患者生命和健康的损害，以及由此导致的患者本人及其亲属的财产损害和精神损害等，但却不是患方自己想象的，自己认为的损害。例如认为隆鼻手术后自己鼻子是歪的；又如认为自己不能走路，其实不是器质性病变而是神经官能症。在这里，患者虽无须证明损害后果发生的原因、方法和过程，更无须证明损害后果与医疗行为之间有因果关系，但必须出具医疗机构证明其有损害事实的诊断书、伤残鉴定书等。
再次，如果患者的损害事实本身能够证明医疗机构在诊疗过程中存在过错，患者可以就此举证，而不需要医疗机构就是否存在过错的问题进行举证，因为根据事实自证理论，事实本身已经证明了一切。例如：医生做剖腹产手术时将纱布遗留在患者宫腔内；手术中错误地将患者正常的左腿截除而没有治疗患病的右腿；因未认真核对患者将应该做心脏手术的患者做了阑尾切除造成患者身体损害等等。这些事实本身就已经证明了医疗机构的过错和因果关系，只要患方能证明这些简单的事实，则医疗机构的其他任何证明都是苍白无力的。
最后，患者须证明其损害结果与医疗机构的医疗行为有关。如注射庆大霉素致耳聋，患方必须持有医方的处方记录、注射单据及注射药物记录的证据，证明医方确实与损害结果有关联的事实存在。如患方只有医方的处方记录而拿不出注射单据及已注射药物的记录证明，就很难说明医方曾为患方注射了庆大霉素，责任就难以认定。例如，患者曾在某医院住院治疗感冒，却起诉该医院造成其腹腔内遗留手术钳的医患合同关系，患者不具备诉讼主体资格，诉讼不能成立。
此外，由于我国医疗保险体制不健全，我国存在大量假冒他人姓名的患者，此类患者一旦发生医疗损害纠纷必定要用真名起诉，拿出他人姓名的挂号条、病历、收费单称为是自己的。那么这种使用他人姓名的患者要想确立医疗机构与其真名之间的医患合同关系，还须出示医疗机构、公安机关、法院确认，其使用他人姓名的病历、处方、收费单据等与其真名本人是同一人后，才能具有诉讼主体资格。
如果患者不能对上诉问题提供证据予以证明，其请求权是不能得到人民法院支持的。尽管如此与举证责任倒置之前相比，患方起诉所承担的举证责任大为减轻，患方起诉的门槛大大降低。
2.医疗机构必须对医疗行为与损害结果之间不存在因果关系及不存在医疗过错承担举证责任
医疗机构必须证明其医疗行为与损害结果之间不存在因果关系，同时还需证明其医疗行为不存在医疗过错才不需要承担侵权责任。在分配举证责任上，要求医疗机构就医疗行为与损害结果的因果关系和有无主观过错两个要件上承担举证责任，也不是所有举证责任都“倒置”。在医疗行为引起的侵权诉讼中，医疗机构应当承担如下举证责任：
第一，患者的损害结果与医疗机构的医疗行为之间不存在因果关系。侵权责任中的因果关系是指违法行为与损害结果之间的因果关系。医疗行为与损害结果有无因果关系的证明是医疗诉讼的焦点。法律上的因果关系是指依法律规定，可能使民事主体承担民事责任的原因事实与损害后果之间的因果关系。无因果关系的证明要求医方从复杂的专业领域阐述专门的知识以达到法官确信的程度。法官也可以借助于专家证人或公正的鉴定来加以证明。其举证方式主要集中在两个部分：一是医疗行为的正当性，医方应举证医务人员在医疗程序上符合法律、法规、规章、技术规范及医疗常规的操作规程，在实体内容上与本医院现有的医疗技术水平及医疗承受能力相称；二是损害结果的非因性，对于患者的损害事实医方不负举证责任，对其因果性，医方医疗行为正当或虽然医方医疗行为不正当但损害结果发生与医疗行为无因果关系，医方可提供医学证明损害后果是属于《医疗事故处理条例》第23条所规定的可以免责的6种情形之一；通过提供证据证明自己在诊疗服务过程中虽存在违反法律、法规和诊疗护理常规的违法行为，但患者未产生人身损害后果：如某案例中护士未作皮试给患者注射青霉素，违反诊疗护理常规，但未造成患者人身损害结果；通过提供证据证明自己在诊疗服务过程中虽存在违反法律、法规和诊疗护理常规的违法行为，患者也产生人身损害后果，但医疗机构与患者的人身损害结果之间没有因果关系：如某案例中护士错误给患者注射维生素药物，后患者由于病情自然发展转归死亡，医务人员的违法行为与患者的死亡无因果关系。
在多数案件中，医疗行为与患者损害之间的因果关系比较明确。但在一些疑难、复杂的医疗纠纷中，必须经过专门技术鉴定方可确定因果关系。医疗事故鉴定结论、专家论证、现行医学院校教材及医疗卫生法律法规、操作常规、制度等一切足以认定医疗机构诊疗措施正确无误的材料都是医疗机构证明自己医疗行为与患者损害之间没有因果关系的证据，理所当然应由医疗机构提供。
第二，提供医疗机构及医务人员主观上不具有过失的证据。医疗机构如果要免除自己的侵权责任，就要证明自己在诊疗过程中不存在过失。医疗机构证明自己没有医疗过失的主要途径表现为：
医疗机构及其医务人员对患者的诊疗行为已达到其合理的技能水平并尽到最完善的注意义务。如果医疗机构及其医务人员能够证明自己的行为符合自己的其他同行在相同的情形下应当采取的技能与注意，即使治疗结果不理想，甚至有损害结果发生，医疗机构及医务人员也不应被认定为有过失，不应对该后果承担责任。或者医疗机构及其医务人员能够证明自己不能也不应当预见到、自己的行为可能发生不良后果，如医疗意外、并发症、无过错输血等，也不构成过失。
医疗机构及医务人员可以提出地方规则与全国标准证明自己不存在医疗过失。我国幅员辽阔，各地经济、文化、科技发展状况差别较大，医疗机构的设置、医疗设施、医务人员的技术水准、医疗经验也存在差异。偏远地区的医疗机构及其医务人员可以通过证明自己采取了当时情况下同地区或类似地区的最好医疗措施，从而证明自己不存在过失。
对由于患者及其家属拒绝或不配合治疗引发的人身损害案件，医疗机构在抗辩时，可从患者是否违反了医院制度、是否侵犯了医务人员的人格、是否对医疗积极配合、是否同意检查等方面举证，但同时须举出证据证明自己已尽到充分告知的义务以免除医疗机构的赔偿责任。
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