上例中假设父 2 不能排除父子亲生关系 , 但他不一定是孩子的生父，因为人群中 FGA-25 基因频率为 0.0958 。虽然生父必须有生父基因，但有 FGA-25 基因的男人不一定就是孩子的生父。按照概率理论，具有生父基因的假设父和具有生父基因的随机男人都有成为孩子生父的可能性。假设父提供生父基因成为孩子生父的可能性和随机男人提供生父基因成为孩子生父的可能性的比值叫作亲权指数( paternity index,PI )。前一种可能性假设为 X; 后一种可能性假设为 Y 。上例中的假设父 2 基因型为 24/25 杂合子，他提供生父基因 FGA-25 的可能性为 1/2 ，即 X=1/2 。随机男人提供生父基因 FGA-25 的机会为该基因的频率，即 Y=0.0958 。因此，此例的 PI 值为 0.5/0.0958=5.22 。如果假设父 2 的确是孩子的生父，则不论检测多少位点，均不会排除他与孩子的亲生关系，在所有检测的位点，每一个位点就可以计算出一个 PI 值，多个位点的累计 PI 值等于各个位点 PI 值的乘积，但前提条件是所检测的各位点之间没有遗传连锁关系。
三联体基因型组合的可归纳为三条原则：
( 1 )当假设父为纯合子时， X=1 ;假设父为杂合子时， X=1/2 ，但杂合子假设父的 2 个基因均可能是生父基因时， X=1 。
( 2 )只涉及 1 个生父基因时， Y 值等于生父基因的频率。
( 3 )若涉及 2 个生父基因时， Y 值为 2 个生父基因频率之和。
