2012年8月31日修正的民事诉讼法第十五章特别程序新增了实现担保物权案件一节，根据该节规定，担保物权人可以依照物权法等法律，向担保财产所在地或者担保物权登记地基层人民法院提出拍卖、变卖担保财产申请，以实现担保物权。管辖法院受理后，经审查，对符合法律规定的，裁定拍卖、变卖担保财产，担保物权人依据该裁定可以向人民法院申请执行，并对担保财产变价后所得款项在担保范围内优先偿付给担保物权人。这一规定，改变了以往债权人通过诉讼程序确认并实现担保物权的传统做法，为债权人快速实现担保物权提供了一条低成本、高效率的非讼途径。
从逻辑上讲，该程序适用于包括船舶担保物权在内的所有申请实现担保物权案件。但船舶的特有属性，却决定了实现担保物权程序并不适用于船舶担保物权的实现。
一、船舶上存在特殊的船舶担保物权——船舶优先权
船舶是参照不动产管理的特殊动产，船舶担保物权除了船舶留置权和船舶抵押权以外，还存在一种特殊的船舶担保物权——船舶优先权。
我国海商法第二十一条规定：“船舶优先权，是指海事请求人依照本法第二十二条的规定，向船舶所有人、光船承租人、船舶经营人提出海事请求，对产生该海事请求的船舶具有优先受偿的权利。”多数学者认为船舶优先权是一种实体权利，而且是一种以船舶为客体的物权，即船舶担保物权的一种。
船舶优先权具有法定性、依附性、秘密性、优先性的特征，其清偿顺序排在船舶留置权之前，且不同项目的船舶优先权具有不同的清偿顺序，同一项目的船舶优先权也因产生的时间先后而有不同的清偿顺序。
对适用实现担保物权程序产生影响的，主要是船舶优先权的依附性和秘密性。所谓依附性，是指船舶优先权具有追及当事船舶的效力。海商法第二十六条对此作了明确规定：“船舶优先权不因船舶所有权的转让而消灭。”所谓秘密性，是指船舶优先权在主债权产生之时，自动产生无须经过登记，除船舶优先权人与债务人之外，对于任何第三人，都是不可知的。
为此，如果船舶留置权人或抵押权人申请实现船舶担保物权，管辖法院就不能，也不敢依据拍卖船舶裁定将船舶变价后所得款项在担保范围内优先偿付给担保物权人。因为法院不知该船舶是否附有船舶优先权。即使是船舶优先权人申请实现船舶优先权，法院也不能依据拍卖船舶裁定将船舶变价后所得款项在担保范围内优先偿付给担保物权人。因为法院不知该船舶是否附有其他船舶优先权，其他船舶优先权的清偿顺序是否排在申请人之前，变价所得款是否足以清偿所有的船舶优先权。
二、船舶优先权必须通过特殊的程序予以实现和消灭
依附在船舶上的优先权，必须通过专门程序予以消灭。
我国海事诉讼特别程序法第一百二十条规定：“船舶转让时，受让人可以向海事法院申请船舶优先权催告，催促船舶优先权人及时主张权利，消灭该船舶附有的船舶优先权。”为此，海事法院裁定强制拍卖船舶，也应发布公告，催促与拍卖船舶有关的债权人申请债权登记，以消灭该船舶附有的船舶优先权。
根据海商法第二十八条的规定，具有船舶优先权的债权人行使船舶优先权，应当通过法院扣押产生船舶优先权的船舶来行使，并通过拍卖船舶后的债权分配程序予以实现。而秘密附有的其他船舶优先权，则需要通过债权登记、确权诉讼和债权分配的方式得以实现。因此，债权登记、确权诉讼及债权分配，是实现包括船舶优先权在内的船舶担保物权的必经程序。这些必经程序，决定了船舶担保物权不能通过适用民事诉讼法所规定的实现担保物权程序，直接拍卖船舶并以船舶变价后所得款项在担保范围内优先偿付给船舶担保物权人。
综上，鉴于船舶担保物权中船舶优先权的特殊性，船舶担保物权不能通过适用实现担保物权程序来实现。而海事诉讼特别程序法对包括船舶优先权在内的船舶担保物权的实现有较为详尽的程序规定，同时，与船舶相关的海事海商案件依法由海事法院专门管辖。为避免管辖权的冲突、实现担保物权操作上存在的问题及法律适用上的争议，建议最高人民法院在相关司法解释中规定：实现船舶担保物权案件，不适用民事诉讼法第十五章第七节所规定的实现担保物权程序，由海事法院依照海事诉讼特别程序法的规定进行处理。
