出口退税企业应注意以下三个问题：
(一)、出口退税率调整的问题。
出口退税率上调对外贸出口的促进作用是十分明显的，但经过几次大幅度的调整后，目前的出口退税率已处于一个比较高的水平，有些产品进一步提升的空间已很小，如部分机电产品的退税率已达到17%，真正实现了出口“零税率”，纺织服装的出口退税率也已提高至16%，也接近出口“零税率”。对出口这些产品的企业来讲，出口退税政策的作用已近最大化，从长期发展来看，企业还要立足本身，加强内部管理，降低管理成本，加大技改项目投资，加快产品更新换代，增加出口产品附加值，从而提高出口效益。
(二)、出口货物征税的问题。
根据国家政策规定，并非所有出口货物都是可以退税的，出口不退税商品、出口退税超过申报期限以及所附核销单信息超期等多种情况都需要对所出口的货物视同内销征税。在国税部门2009年的检查中发现，对出口货物已征收税款6906万元，其中因退税超期问题征税3040万元。经过调研分析，出现这种征税问题主要是由于有些企业对退税政策不理解，内部的业务部门和办税员沟通不够，内部流转不畅，还有的企业职员办事责任心不强等原因造成的。如：有些企业对出口退税延期申请政策不了解，在退税申报超期后才提出申请;有些企业业务员已收齐了退税所需单证，但由于没有退税期限的时间概念，没把单证及时交到办税员手中，致使企业不能退税。为了方便出口企业，实行了免予审核纸质出口收汇核销单的办法后，也出现了一些因核销单信息超期而征税的问题，部分原因是由于企业人员在网上提交核销后就没有对这些信息的核销结果进行跟踪，致使未能成功提交核销，企业的出口货物视同内销征收了税款。为了避免以上问题的发生，建议企业要加强内部管理，理顺企业相关人员的关系，对负责出口和办税员进行必要的培训，建立出口业务部门与财务部门的内部资料流转机制，规范出口单据资料的管理，按国税部门的要求处理业务，及时办理退税。
(三)、防范骗税问题。
出口骗税扰乱了出口经济秩序，对国家和企业的损害都是十分严重的。从根源上讲，出口骗税的发生在于骗税利益的巨大诱惑和不法分子的侥幸心理，只要有利可图，出口骗税的诱因就不会消除。出口退税率提高在促进我国外贸出口的同时，出口骗税的利益进一步加大，骗税的诱惑性更强，防范和打击出口骗税的任务更加艰巨。目前，出口骗税的手段和方式越来越复杂、隐蔽，有许多企业由于不了解出口骗税特点和动态，致使在出口经营活动中上当受骗，蒙受损失，严重的出口骗税甚至可能给企业带来灾难性后果。如何有效防范和打击出口骗税，不仅是国税部门的职责，也有企业的责任，防范和打击出口骗税企业是第一道关口。因此，出口企业要进一步提高防骗意识和防骗能力，随时掌握骗取出口退税的新变化、新动向，并加强与国税部门之间的交流与合作，共同防范出口骗税案件的发生。打击和防范出口骗税工作需要我们税企共同完成，需要税企时刻绷紧防范骗税这根弦，共同努力营造好外贸出口健康有序的运行环境。
