禁止近亲婚姻更有现代科学的根据。近亲结婚的害处，为遗传规律所证明。
亲代的生理病理特征，是经过双亲的生殖细胞，传递给下一代在这一过程中，细胞核中的染色体起着主要的作用。人体每个细胞都有23对染色体，共46个，其中2个为性染色体，其44个为常染色体。每个染色体上又布满了遗传基因。基因是传达遗传信息的基本单位，是染色体上多核糖酸链的一段。它携带着遗传密码，决定着蛋白质多肽链的氨基酸排列顺序和长度，因而决定了会成蛋白质的特异性。
基因满载着来自父母的各种遗传密码，这些密码巧妙地控制着人体各部分的生长发育，将父母的特征遗传给后代。在人们身上，往往掺杂着个别有害的基因，这种基因叫做致病感因。致病基因分为隐性和显性两种。与隐性基因有关的遗传病，叫作隐性遗传病，如苯丙酮尿症、婴儿黑蒙性白痴、尿黑酸症、先天性纤维蛋白质缺乏症、先天性肾上腺皮质增生等，现已知道的有7000多种。近几十年来，传染病流行病在人群中发病率逐渐降低，而遗传病的相对发病率则逐年增高。如果父母一代血缘关系近，相同的病态基因就多，很容易把双方生理上精神上的缺陷弱点集中起来，遗传下去，贻害子女。
近亲婚配时，彼此之间往往具有相同的基因，一人是某致病基因的携带者时，另一人就有很大可能也是如此。两个致病基因相遇在一起的机会多了，子女的遗传病的机会也就多了。
