随着信息技术的应用和电子商务的发展，第三方支付快速兴起并广泛地运用于电子商务交易。在起步阶段，第三方支付主要进行业务探索和创新，而法律条文的制定通常都是相对滞后，因此有关第三方支付的法律并不成熟。此外，国家为了鼓励电子商务的发展采取较为宽松的政策和措施，对第三方支付的监管力度相对商业银行较弱，以防阻碍其进一步发展。但是，由第三方支付引发的法律纠纷不断涌现，风险逐渐暴露。主要表现在以下几个方面：
(一)主体资格和经营范围的风险
从第三方支付平台的性质来说，它可以说是虚拟的商业银行，因为平台的提供服务时聚集了大量的用户资金或者发行了大量的电子货币，客观上已经具备了某些银行的特征。但是我国《商业银行法》第二条规定：“商业银行是依法设立的吸收公众存款、发放贷款、办理结算等业务的企业法人。”而第三方支付吸收用户资金并不能看做是吸收存款，发放贷款更是无从谈起，它不具有法律规定的银行主体资格，因此不能将第三方支付平台当成是商业银行，更不能以监管商业银行的标准来要求第三方支付企业。央行2010年6月颁布的《非金融机构支付管理办法》明确将第三方支付平台定位为非金融机构，对其监管标准、准入条件的设置标准均低于商业银行，以利于第三方支付产业的发展。这导致第三方支付存在一定的监管漏洞，比如沉淀资金使用混乱，从而形成资金安全隐患，并可能引发支付风险和道德风险。
(二)资金孽息归属的风险
电子商务属于我国的民商事领域，根据我国民法的规定，通常情况下原物所有权人有权取得孽息。原物万方数据第三方支付的法律风险与监管所有权移转.孽息的所有权应同时移转。在买卖双方交易过程中。应当以合同法来适用此交易过程，第三方支付起了保管方的作用，我国合同法对保管人的规定“保管期间届满或者寄存人提前领取保管物的.保管人应当将原物及其孽息归还寄存人”，而第三方支付在服务协议明确“本公司无须对您使用支付宝服务期间由本公司保管或代收或代付的款项的货币贬值承担风险.并且本公司无须向您支付此等款项的孽息”。这与我国合同法有所违背。但从意思自治的角度看，如果用户同意了此条款，可以理解为将孽息默认赠予第三方支付公司，在民商法中的通常情况下约定的效力也大于法定。
第三方支付平台利用资金的暂时保管，在交易过程中约束和监督了买家和卖家。当买方把资金划人第三方的账户。第三方就将起到了资金保管人的作用，资金的所有权并没有发生转移。资金的所有人仍然是买方。当买方和卖方达成某笔交易，买方收到商品，通过第三方向卖方付款时，此时款项的所有权应仍属于买方所有。直至款项进入卖方账户，或者买方确认付款后，所有权才转为卖家。可以看到，第三方作为款项的占有人。始终不具备对资金的所有权，只是保管的义务。随着将来用户数量的增长。这个资金沉淀量将会非常巨大。据粗略估算，每天滞留在第三方平台上的资金至少有数百万元，第三方支付公司将可以取得一笔定期存款或短期存款的利息。利息的分配是在第三方支付公司和买方间，还是作为第三方支付公司应得收益的一部分，就成为一大问题。
(三)交易隐蔽性可能造成的犯罪风险
由于网络的隐蔽性和便利性，通过网络进行经济犯罪的情形越来越多，如进行洗钱等金融犯罪、用信用卡或第三方支付平台进行套现。第三方支付平台的发展和监管上的漏洞使得犯罪分子得以用第三方支付平台进行金融犯罪。我国法律中虽然把信用卡恶意透支规定为违法行为，但这里的“恶意透支”并非由道德规范所评判，而被法律规定为：持卡人以非法占有为目的，超过规定限额或规定期限.并且经发卡银行催收无效的透支行为。可见。就此信用卡套现的方法而言，大多数支付宝套现并不具备所规定的“超过规定限额或规定期限”与“经发卡银行催收无效”。完全规避了法律规定，恰恰相反。由于套现者及时还钱，还提高了个人“信誉”。因此对于支付宝套现的人士来说，他们只是利用了制度的漏洞.不属于违反国家法律，而只是违反道德与网上交易习惯而已。针对支付平台的网络违法犯罪活动不断出现，其造成的危害甚至金融风险也令人堪忧。第三方支付平台很难辨别资金的真实来源和去向，使得利用第三方平台进行资金的非法转移、洗钱、贿赂、诈骗、赌博以及逃税漏税等活动有了可乘之机。第三方支付可能成为某些人通过制造虚假交易来实现资金非法转移套现，以及洗钱等违法犯罪活动的工具。
