中国海关总署是中国海关的领导机关，是国务院直属机构，实行集中统一的垂直领导管理体制，统一管理全国海关。海关总署机关内设15个部门，并管理6个直属事业单位、4个社会团体和3个驻外机构。中央纪委监察部在海关总署派驻纪检组监察局。
垂直领导管理体制的特点主要体现在：中国海关总署的最高领导机关是海关总署，统一管理全国海关，中国海关总署最高行政领导是署长(现任海关总署署长牟新生);国家在对外开放口岸和海关监管业务集中的地点设立海关，海关的隶属关系不受行政区划的限制;各地海关依法独立行使职权，向中国海关总署负责，不受地方政府及其他机关干预。除广东分署，天津、上海特派办和海关院校外，全国共设有41个直属海关。
