最高人民法院、最高人民检察院联合下发、施行了《关于刑事赔偿义务机关确定问题的通知》(以下简称《通知》)。该《通知》虽然只有三条，却解决了在侵犯人身自由权赔偿案件中，批准逮捕和提起公诉如不是同一人民检察院的，赔偿义务机关如何确定的问题。
《通知》第一条规定：“人民检察院批准逮捕并提起公诉，一审人民法院判决无罪，或者人民检察院撤回起诉作出不起诉决定或者撤销案件决定，依法应当赔偿的案件，批准逮捕与提起公诉的如不是同一人民检察院，赔偿义务机关为批准逮捕的人民检察院。”
就是说，在检察机关单独赔偿的情况下，批准逮捕的人民检察院为赔偿义务机关。由于我国《国家赔偿法》只规定了错误逮捕的国家赔偿，而没有规定错误起诉的国家赔偿。所以，一审判决无罪或者人民检察院撤回起诉作出不起诉决定或者撤销案件决定，当事人申请国家赔偿的案件，都属于错误逮捕案件，无论批准逮捕与提起公诉是否同一人民检察院，赔偿义务机关都是批准逮捕的人民检察院。这符合《国家赔偿法》规定的“错误逮捕的，作出逮捕决定的机关为赔偿义务机关”。
实践中，批准逮捕与提起公诉不一致的情况时有发生，既有上级人民检察院批准逮捕移交下级人民检察院提起公诉的，也有下级人民检察院批准逮捕移送上级人民检察院提起公诉的，还有同级人民检察院之间因异地管辖而由甲地批准逮捕，由乙地提起公诉的。批准逮捕与提起公诉不是同一人民检察院时，无论两个检察院之间是上下级关系，还是同级关系，都由批准逮捕的人民检察院承担赔偿义务。
《通知》第二条规定：“人民检察院批准逮捕并提起公诉，一审人民法院判决有罪，二审人民法院改判无罪，或者发回重审后一审人民法院改判无罪，或者人民检察院撤回起诉作出不起诉决定或者撤销案件决定，依法应当赔偿的案件，一审人民法院和批准逮捕的人民检察院为共同赔偿义务机关。批准逮捕与提起公诉的如不是同一人民检察院，共同赔偿义务机关为提起公诉的人民检察院。”
就是说，在共同赔偿情况下，批准逮捕与提起公诉不是同一人民检察院的，提起公诉的人民检察院与一审人民法院为共同赔偿义务机关。根据《国家赔偿法》的规定，共同赔偿案件是指一审判决有罪，二审改判无罪，由法院和检察院共同赔偿的案件。在司法实践中，一审人民法院判决有罪，二审人民法院发回重审后一审人民法院改判无罪，或者人民检察院撤回起诉作出不起诉决定或者撤销案件决定，都属于法院和检察院共同赔偿的案件。根据最高人民法院、最高人民检察院《关于办理人民法院、人民检察院共同赔偿案件若干问题的解释》和《关于适用〈关于办理人民法院、人民检察院共同赔偿案件若干问题的解释〉有关问题的答复》，《通知》规定，在上述共同赔偿案件中，批准逮捕与提起公诉不是同一人民检察院时，提起公诉的人民检察院与一审人民法院是共同赔偿义务机关。
该规定实际上是重申了“两高”司法解释的规定。这样规定的理由是：1、提起公诉的人民检察院与一审人民法院级别对等，便于共同赔偿案件的办理;2、提起公诉的人民检察院与一审人民法院向同一财政部门申请拨付赔偿金，便于赔偿经费的落实和赔偿决定的执行。[page]
《通知》第三条规定了溯及力问题，该通知自发布之日起施行，本通知发布前，已经生效的刑事赔偿决定不再变更赔偿义务机关。即本通知发布前刑事赔偿案件已经办结，在确定赔偿义务机关问题上与本通知规定不一致的，应按照已经生效的决定执行，而不再变更赔偿义务机关。这样规定的目的是维护赔偿请求人的利益，减少当事人的诉累。《通知》下发后，已经受理尚未办结的案件，在赔偿义务机关的确定上，如果与《通知》规定不一致的，应当按照《通知》规定办理。
该《通知》的范围适用于侵犯公民人身自由权赔偿案件中因错误逮捕申请国家赔偿的案件，包括非法拘禁罪，绑架罪，拐卖妇女、儿童罪，收买被拐卖的妇女、儿童罪，强迫职工劳动罪，非法搜查罪，非法侵入住宅罪等。其他案件的赔偿义务机关确定问题，仍然以《国家赔偿法》为依据，比如错误拘留的，作出拘留决定的机关为赔偿义务机关;再审改判无罪，原判刑罚已经执行的，作出原生效判决的人民法院为赔偿义务机关;违法侵犯公民财产权、生命健康权的，违法行使职权的机关为赔偿义务机关。
