根据赔偿法规定，人民法院设立赔偿委员会审理国家赔偿案件，赔偿委员会下设办公室作为具体的办事机构。从赔偿法实施八年以来的情况看，目前赔偿机构的设置值得反思和研究。
对赔偿工作定性直接关系到赔偿机构的科学设置。赔偿法对国家赔偿工作的性质界定不清，司法实务部门也持不同认识。2002年元月，在江苏无锡市召开的第三次高级法院赔偿委员会主任会议上，最高法院将人民法院办理国家赔偿案件定性为审判工作，但遭到以检察机关为代表的很多部门强烈反对。他们认为，国家赔偿案件完全不具有诉讼性质，人民法院办理赔偿案件仅是具有司法性质的行政工作，不能称为“审判”工作。
“审判”一词，有着特定的程序内容，专指人民法院审理案件的活动。从我国诉讼法的具体规定看，审判工作一般包括立案审查、受理、一审、二审、申诉、再审等程序，可以采取诉讼保全和强制措施等。而国家赔偿法所规定的刑事赔偿和非刑事司法赔偿的办理程序基本上不具备上述内容。从赔偿法具体条文看，只是规定赔偿请求人“可以申请赔偿委员会作出赔偿决定”，并没有规定为向赔偿委员会起诉，也没有规定赔偿委员会对赔偿请求人的申请进行裁判。虽然国家赔偿法规定赔偿委员会的决定具有法律效力，但由于赔偿委员会并没有被赋予对侵权行为的确认权力，因此，赔偿委员会对刑事赔偿和非刑事司法赔偿只具有有限的最终决定权。而且，赔偿法也没有赋予人民法院强制执行权。所以，就现行赔偿法理解，人民法院赔偿委员会办理赔偿案件不属于审判工作。
将赔偿案件办理机构设置于法院还存在以下三个方面的现实问题：
一是缺乏权威性，一些赔偿义务机关，特别是检察机关对人民法院赔偿委员会的工作不支持，不配合，不执行，甚至通过有关部门施加压力，人民法院赔偿委员会对此往往无能为力，只能被动应付。
二是缺乏中立性。由于法院自身也可能成为赔偿义务机关，所以时常会出现赔偿委员办理法院为赔偿义务机关的赔偿案件，赔偿请求人很难产生信任。
三是缺乏独立性，赔偿委员会的性质并无定论，各地法院对赔偿办的认识和人员配备也不一致。有的将赔偿办视为法院内部独立的工作部门，单独设置，配备专门工作人员;有的认为赔偿办属于松散性机构，将其挂靠在内部其他职能庭处室。实际上，由于法院自身对国家赔偿工作没有予以应有的重视，赔偿委员会也不具有权威，其办事机构工作人员的积极性和主动性难以调动。
