所有权转移是买卖合同中最基本的问题，直接关系到买卖双方的切身利益。所以，二手船买卖的核心问题之一就是船舶所有权的转移。关于船舶所有权转移的法律规定主要包括：《合同法》第133条规定，标的物的所有权自标的物交付时转移，但法律另有规定或者当事人另有约定的除外。第140条规定，标的物在订立合同之前已为买受人占有的，合同生效的时间为交付时间。对于船舶买卖合同来说，这种情况主要是指买方在签订船舶买卖合同之前，依据光租合同或者定期租船合同占有卖方船舶，双方签定的船舶买卖合同生效的时间，就是船舶交付的时间。《物权法》第23条规定，动产物权的设立和转让，自交付时发生效力，但法律另有规定的除外。第24条规定，船舶、航空器和机动车等物权的设立、变更、转让和消灭，未经登记，不得对抗善意第三人。船舶所有权转移涉及的问题主要有三个：所有权转移的时间与条件；所有权转移本身的效力；所有权转移的对抗效力。
一、所有权转移的时间与条件
在当事人对船舶所有权转移没有特别约定的情况下，卖方将船舶交付给买方，双方签署《船舶交接协议书》后，船舶的所有权自卖方转移至买方。虽然买卖双方会签订正式的MOA，但是这并不能代表船舶所有权的转移。为了转移所有权，双方必须在交船时签订卖据，以表明船舶的所有权发生转移。当事人可以对船舶所有权转移的时间和条件做出约定，有约定的以约定为准。如合同约定，船舶交付后，在买方将全部款项支付给卖方前，船舶的所有权归卖方所有，这就是所有权保留买卖。在合同履行过程中，在满足了合同约定的所有权转移的条件后，船舶所有权才从卖方转移到买方。当然当事人也可以约定，在合同生效时，船舶所有权就转移给买方。
一般来说，合同约定船舶交付在前，而所有权转移在后，对卖方来说较为有利，一是可以防止买方在没有支付完毕购船款之前将船舶转卖，二是可以在买方拖延支付购船款的情况下，行使船舶所有权，要求买方返还船舶。不过，以目前的标准合同范本来看，都表明是在订立合同之后一段时间才转移所有权。这么规定是对买方利益的保护，因为所有权在卖方手中，船舶的风险也在卖方手中，买方还可能有机会在发生某些情况时拒绝接船。
二、所有权转移本身的效力
我国《海商法》第9条规定，“船舶所有权的转让，应当签订书面合同。”在船舶买卖实务中，买卖合同的成立生效，不代表船舶所有权的转移。这也符合一般货物买卖的原则，所有权是随着交付而转移的。关于货物所有权转移问题，《英国买卖法案》认为货物在特定化之后，、依当事人的意愿转移。与英国法不同的是，美国法认为，货物所有权在货物特定化后在交货时发生转移。我国法律和《联合国国际货物销售合同公约》也都采取了货物交付作为所有权转移的标志。
船舶的买卖应当属于货物买卖中的特定货物买卖。通常而言，船舶买卖合同的签订和双方正式交接船舶之间还有一段时间，因为签订合同之后还有许多工作要进行。在次期间，船舶仍在卖方的控制之下，船舶的风险也由卖方承担。为了移交船舶的所有权，买卖双方将签订卖据，用以证明船舶所有权的转移。而在签订卖据的时候，船舶应该是己经满足了MOA中的条件，处于可交付的状态。由于船舶买卖属于货物买卖中的一种，我国《海商法》没有对其做出更多的规定，买卖双方完全可以在合同中对船舶所有权的转移做出约定。在没有约定的情况下，将适用一般货物买卖法的原则。
三、所有权转移的对抗效力
船舶在物的本质上属动产，但由于其具有不动产的特征，相关法律法规对其为标的所发生的各种物权关系要求必须履行法定的登记确权程序。所以，二手船买卖中所涉及到的船舶所有权转移问题，论及公示制度适用的就是不动产变动的登记制度。各国立法在对登记的法律效果上有不同的规定，主要有两种不动产物权变动的模式。一种是以德国法为代表的“登记要件”主义，即认为不动产物权变动效力的发生，直接以登记为条件，未经登记，不仅不能对抗第三人，而且在当事人之间也不发生效力。另一种是以法国法为代表的“登记公示”主义，即认为不动产物权的变动依当事人的合意即产生法律效果，但不动产物权变动非经登记，不能对抗第三人。这是目前大多数国家所采取的模式。
但是关于船舶所有权变动登记的效力问题，我国《海商法》采取的是“登记对抗要件主义”，即船舶所有权的取得、转让和消灭，未经登记不得对抗第三人，因此任何善意第三人都可以以船舶所有权转移没有进行登记为由，而否认其物权变动的效果。所谓“善意第三人”，指的是不知道或者不应当知道在船舶买卖双方中发生了所有权转移事实，如果第三人知道或者应当知道船舶所有权已经从卖方转移至买方，则船舶所有权转移的法律效力及于第三人，当然船舶卖方需要举证来证明第三人存在知道或者应当知道的事实。此外，“不得对抗善意第三人”是指船舶所有权转移的法律效力不及于第三人，也就是对善意第三人来说，船舶的所有权并没有转移，仍然可以向船舶卖方主张权利。
